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作者：梁千千;董华娇;李甜甜;张洁;杨敏;万鹏程;韩吉龙;
单位：石河子大学动物科技学院;新疆农垦科学院畜牧兽医研究所;
摘要：本研究采用不同的3种方法对绵羊基因组进行注释，筛选出适合绵羊转座元件注释的方法，并进行转座元件的演化历史分析。结果表明，采用从头预测（de novo prediction）和同源预测（homology?based prediction）相结合的策略对绵羊基因组进行注释效果最佳，鉴定出绵羊基因组中转座元件占比为47.34%，其中长散布核元件（LINE）占比最高（35.34%），其余依次为长末端重复序列（LTR,5.43%）、短散布核元件（SINE,3.66%）、DNA转座元件（2.44%）和未知家族（0.56%）。LINE中的牛B型逆转录转座元件（RTE?BovB）占比达16.47%。转座元件在绵羊基因组中广泛分布，但在X染色体上富集显著，占比高达57.22%。研究通过Kimura双参数模型分析转座元件的演化历史，发现绵羊基因组经历了两次转座“爆发”事件：第1次以LINE转座元件为主，第2次则同时涉及LINE和SINE转座元件的扩增，且具有时序性。综上，LINE转座元件的持续活跃是绵羊基因组扩增的主要驱动力，且其演化历史与反刍动物的基因组进化密切相关。
关键词：绵羊;;基因组;;长散布核元件(LINE);;基因组扩增;;适应性进化
基金资助：石河子大学国际科技合作项目（GJHZ202307）;; 兵团重点领域科技攻关项目“多胎、肉毛兼用细毛羊新品系选育与示范推广”（2024AB017）;; 畜禽生物育种全国重点实验室开放课题项目（2024SKLAB-6-107）
