来源:期刊VIP网 时间:
作者:徐炜佳;闻瑾;
单位:东华大学材料科学与工程学院,先进纤维材料全国重点实验室;
摘要:溶剂分子能影响主-客体体系结合及解离过程,如增加或者减弱分子间相互作用。传统的试验手段难以确定主客体识别的动态过程,以及溶剂化作用的影响。分子动力学模拟可以提供试验难以观测的现象,如结构随时间的演化信息。基于通用AMBER力场(GAFF)对γ-环糊精和螺吡喃体系(G@γ-CD)进行伞状取样模拟,计算气相环境中客体螺吡喃分子沿不同方向从γ-CD空腔中解离的能量,以探究其解离路径。此外,通过计算能量和径向分布函数,阐述溶剂分子对该体系解离路径的影响。在溶液环境中,客体螺吡喃分子沿不同方向从γ-CD空腔解离的能量普遍降低,表明水分子有助于促进主-客体解离过程。径向分布函数和轨迹快照的分析结果显示,在主-客体解离过程中,水分子会进入γ-CD空腔,进而影响体系的能量。该研究为捕获主-客体解离过程中的动态结构奠定了基础。
关键词:增强采样;;环糊精-螺吡喃;;溶剂化;;分子动力学;;伞状取样