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作者：田睿;赵娟;李岩;焦艳丽;包阔;潘品良;刘建礼;
单位：海关总署(北京)国际旅行卫生保健中心;中国疾控预防控制中心性病艾滋病预防控制中心;
摘要：目的 探索从咽拭子样本中检测基孔肯雅病毒（CHIKV）的可行性。方法 选取2025年5月北京口岸1例输入性基孔肯雅病毒感染者的血液和咽拭子样本，进行荧光定量PCR(qRT-PCR)检测，通过液相探针捕获结合高通量测序技术进行宏基因组测序，利用生物信息学方法组装并与公共数据库比对，分析遗传特征。结果 采用qRT-PCR方法在咽拭子和血液样本均检测出CHIKV核酸，Ct值分别为28和26。咽拭子和血液样本宏基因组测序均检测出CHIKV核酸序列，其中咽拭子样本检测出CHIKV序列6 757条，基因组覆盖度94.31%，血液样本检测出CHIKV序列9 558条，基因组覆盖度98.13%。两者与美国国家生物技术信息中心（NCBI）数据库登录号PP896918.1和MH124579.1的CHIKV基因序列核苷酸同源性均大于99.00%。最大似然法系统进化树分析显示，两者与NCBI数据库中PP896921.1和MW281311.1聚类在同一分支，均属东/中/南非洲遗传谱系（ESCA基因型）。结论 咽拭子样本可检出CHIKV全基因组序列，为婴幼儿等采血困难人群中疑似病例实验室诊断提供了基于无创性样本检测的证据。
关键词：基孔肯雅病毒;;咽拭子;;荧光定量PCR;;探针捕获宏基因组测序
基金资助：海关总署科研项目(No.2024HK164)~~
