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作者：黄贺;臧正宇;王嗣泽;王月月;孟凡伍;张津;郑鹏;赵骞;
单位：东北农业大学动物科学技术学院;东极生态畜牧发展(抚远市)有限公司;
摘要：东极黑猪是在我国东北部发现的一种新黑猪群体，试验旨在了解东极黑猪群体结构和遗传多样性，以期更好地保护和利用东极黑猪遗传资源。通过50k SNP芯片研究426头东极黑猪进行遗传多样性、亲缘关系和家系结构，同时加入20头大白猪及20头民猪数据开展主成分分析（Principal component analysis,PCA）。结果表明，东极黑猪57 466个SNPs中有47 389个SNPs通过质检；PCA结果显示，3个群体分别聚类，东极黑猪与另外两个猪种区分明显；东极黑猪群体中部分个体遗传关系较近，状态同源（Identity by state,IBS）遗传距离为0.097 7～0.358 9，平均值为0.275 2；连续性纯合片段（Runs of homozygosity,ROH）分析发现该群体平均ROH为317.3 Mb，主要分布在200～300 Mb，群体平均近交系数（FROH）为0.133，说明存在近交情况。根据基因组亲缘关系和聚类分析结果，可将东极黑猪群体分为15个家系。综合分析表明，东极黑猪群体遗传多样性丰富，品种独特，但存在近交，建议引入新血统以防遗传多样性丢失。
关键词：东极黑猪;;SNP芯片;;亲缘关系;;近交;;家系
基金资助：黑龙江省重点研发计划指导类项目（GZ20230026）
