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作者：徐超;李迪;杨艳艳;马旭阳;马庆周;郭雅双;施艳;张猛;
单位：河南农业大学植物保护学院;
摘要：【目的】基于玉米小斑病菌(Bipolaris maydis)转录组数据鉴定简单重复序列(SSR)位点，开发可用于该植物病原真菌种内遗传变异分析的全新DNA分子标记。【方法】使用MISA软件对玉米小斑病菌去冗余的unigenes进行SSR标记检索与分析，采用Primer 3.0设计SSR引物，通过本地BLASTN比对以及原始测序数据的mapping筛选具有潜在扩增多态性的SSR引物，并通过非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳验证所筛选引物的有效性、多态性和通用性。【结果】在14 549条玉米小斑病菌unigenes序列中共检索到5 767个SSR位点，发生频率和分布频率分别为23.52%和39.64%,平均分布距离为4.94 kb。其中，单核苷酸重复类型最丰富，占总SSR位点总数的40.70%,二核苷酸(28.18%)和三核苷酸重复类型(26.69%)次之。A/T、AC/GT、C/G和AG/CT是其优势重复基序，共占SSR位点总数的67.05%。SSR基序的重复次数主要在5～14次之间，以10次重复最多(占25.92%),其中，绝大部分为单核苷酸。SSR序列长度的分布范围为10～84 bp,以长度为10 bp的SSR位点数量最多，占SSR位点总数的23.32%,序列长度≥20 bp(高多态性)的SSR共有1 309条，占总数的22.70%。进一步通过生物信息学手段和PCR产物电泳检测从100对随机抽选的引物中筛选得到29对扩增性好且多态性较高的SSR引物。【结论】玉米小斑病菌转录组含丰富的SSR位点，具有开发多态性引物的潜力；本次筛选得到的SSR引物可用于后续玉米小斑病菌的种群变异及遗传图谱等研究。
关键词：玉米小斑病;;玉蜀黍平脐蠕孢;;转录组;;EST-SSR;;多态性
基金资助：国家重点研发计划重点专项子课题(2023YFD1401502);; 河南省重点研发专项(231111111100)
