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作者：丁锐;周英泽;许晟华;许华;曲波;陈旭辉;
单位：沈阳农业大学土地与环境学院;沈阳农业大学生物科学技术学院;武汉轻工大学硒科学与工程现代产业学院;
摘要：为了解兰科植物曲唇羊耳蒜叶绿体基因组密码子的使用偏好性及主要影响因素，从GenBank数据库下载曲唇羊耳蒜完整的叶绿体基因组序列并筛选得到51条符合分析要求的蛋白编码序列，利用CodonW软件和EMBOSS在线程序分析其密码子使用模式.结果显示：曲唇羊耳蒜叶绿体基因组密码子的第3位碱基多为A或T,GC_3仅为29%，远低于GC1(46%)和GC_2(39%)；有效密码子数（ENC）介于42～60之间，密码子偏好性较弱，ENC与GC_3呈极显著正相关.结合中性绘图、ENC-plot和PR2-plot分析，结果表明，曲唇羊耳蒜叶绿体基因组密码子使用偏好性主要受到自然选择压力的影响，突变压力的作用有限.同义密码子相对使用度（RSCU）数据分析共筛选出7个最优密码子，分别为UUG、CUU、UCA、ACA、AAU、AGA和GGA.对应性分析结果显示，曲唇羊耳蒜不同类型基因的密码子使用模式不同，其中光合系统基因具有相似的密码子使用模式，而其他类型基因的偏好性差异较大.
关键词：曲唇羊耳蒜;;叶绿体基因组;;密码子偏好性;;自然选择;;兰科
基金资助：国家林业和草原局兰科植物野生资源专项调查项目（2021070710）;; 沈阳农业大学大学生创新创业训练计划项目（X202310157020）
