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陕西师范大学学报(自然科学版)2024年第03期:基于基因注意力和多组学的低级别胶质瘤分类方法

来源:期刊VIP网 时间:


作者:程昊;韩笑;任建雪;闫奥煜;王会青;

单位:太原理工大学计算机科学与技术学院(大数据学院);

摘要:现有对低级别胶质瘤(low-grade glioma, LGG)分子亚型三分类的研究依赖于LGG医学影像数据,数据样本少且难获取导致模型较难学习到LGG分子亚型之间的差异,降低了模型的分类性能。基于此,提出了LGG分子亚型三分类方法MODDA,利用基因注意力网络提取LGG多组学数据的重要特征,使用嵌入网络处理临床数据得到临床数据特征;将临床数据特征与组学数据重要特征进行融合,采用密集深度神经网络进行LGG分子亚型分类。实验结果表明,MODDA的分类性能优于现有LGG分子亚型分类方法,并且在外部验证数据集上也表现出较好的泛化性能。此外,对卡方检验过程中发现的重要基因进行了富集基因本体论(gene ontology, GO)术语和生物学途径分析,有助于LGG的个性化治疗。

关键词:低级别胶质瘤;;分子亚型;;多组学数据;;基因注意力;;深度神经网络

基金资助:山西省自然科学基金(202203021211121)