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石河子大学学报(自然科学版)2024年第06期:基于生物信息学筛选创伤后应激障碍差异表达基因及验证

来源:期刊VIP网 时间:


作者:姜俊秀;邢文龙;徐婧姗;李吉鑫;张桂青;

单位:石河子大学医学院;石河子大学第一附属医院;

摘要:目的 筛选创伤后应激障碍(PTSD)中的差异表达基因(DEG)并进行验证,进一步探讨PTSD可能发生的机制。方法 分别收集PTSD患者与健康人群的外周血单个核细胞(PBMC)各26例,根据实验设计分别分为基因筛选组(n_1=6)、基因验证组(n_2=20)。首先通过转录组测序技术(RNA-Seq)建立新的基因库,然后使用GO分析、KEGG分析等方法筛选出PTSD患者的DEG,并进行实时荧光定量聚合酶链式反应(q-RT-PCR)验证;募集参与者的血浆样本,对上述DEG进行酶联免疫吸附测定(ELISA)进一步验证。结果 (1)筛选出DEG共609个,其中448个基因上调表达,161个基因下调表达。(2)q-RT-PCR验证基因4个,其中FPR1与CD14的表达显著升高,且差异具有统计学意义(P<0.05);XCL2与TIGIT的表达趋势呈下降,但差异不具有统计学意义(P<0.05)。(3)ELISA验证基因4个:其中CD14、FPR1、XCL2存在着蛋白水平的表达下调,差异具有统计学意义(P<0.05);而TIGIT的蛋白水平表达无明显差异,且不具有统计学意义。结论 CD14与FPR1为PTSD发生发展过程中的相关关键基因,其可能通过炎症通路来对PTSD的发生发展产生影响,而XCL2和TIGIT与PSTD发生发展的关系仍有待探究。

关键词:创伤后应激障碍;差异表达基因;CD14;FPR1

基金资助:国家自然科学基金项目(32260208)