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作者：陆澳;孟波;赵佳威;廖焕玥;叶子弘;方向;赵洋;
单位：中国计量大学生命科学学院;中国计量科学研究院前沿计量科学中心,国家市场监管技术创新中心(质谱);
摘要：基于不同的脱蜡液（Triton X-100和二甲苯）、裂解液（TFE和RapiGest）以及酶切方案（iST、SP3和FASP），通过正交实验设计了12种福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织样本的蛋白质组前处理技术方案，探索了FFPE蛋白质组样本制备的最佳实验条件。从蛋白质和肽段的鉴定深度、鉴定稳定性和蛋白丰度的定量水平等方面进行了系统性评估，研究结果显示，Triton X-100脱蜡液和二甲苯对蛋白质组的鉴定影响较小，而TFE裂解液和iST酶切方案均能显著提升FFPE组织样本的蛋白质组分析水平。鉴于二甲苯具有的潜在毒性，最终确定以Triton X-100脱蜡液、TFE裂解液和iST酶切方案为基础的TTI技术方案为最优选择。此方案显示了最佳的重复性和稳定性，同时能够鉴定更多与重要生物学功能相关的特异性蛋白质。本研究建立的TTI技术方案为FFPE组织样本的蛋白质组分析提供了一种高效且全面的方法，显著提升了样本的蛋白质组鉴定的重复性和稳定性。
关键词：福尔马林固定石蜡包埋样本;;样本制备;;蛋白质组;;质谱;;液相色谱-串联质谱联用
基金资助：科技基础资源调查专项项目（No.2022FY101202）;; 国家重点研发计划项目（No.2022YFF0608404）;; 国家自然科学基金项目（No.21927812）;; 中国计量科学研究院基本业务费重点项目（No.AKYZD2111）资助~~
