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作者：李艳伟;王振宝;杨妍妍;霍雨猛;孙亚玲;刘冰江;
单位：山东省农业科学院蔬菜研究所;
摘要：为了探讨洋葱WRKY转录因子家族的功能，本研究基于洋葱全基因组和鳞茎不同发育时期的转录组数据，利用生物信息学方法筛选并鉴定到55个AcWRKY基因家族成员，其编码蛋白序列长度为144～683 aa,等电点为5.11～9.65,脂肪系数为47.14～77.24,均为亲水性蛋白。亚细胞定位预测结果表明，这55个AcWRKY蛋白都定位在细胞核中。进化树分析显示，洋葱WRKY家族基因分为GroupⅠ、GroupⅡ和GroupⅢ三大类，其中GroupⅡ组可进一步分为5个亚组，洋葱和拟南芥WRKY蛋白在各组中均有分布，推测相同组或亚组中洋葱与拟南芥的WRKY转录因子可能具有相似的功能。保守结构域分析发现，所有AcWRKYs均具有高度保守的WRKYGQK基序及其特有的锌指结构，少数成员存在保守结构域的变异。基因结构和保守基序分析结果显示，不同AcWRKY成员的外显子和motif在数量和分布上存在一定差异，同一组或亚组的成员表现出一定的相似性。转录组数据分析结果表明，绝大多数AcWRKYs基因直接或者间接参与了洋葱鳞茎的发育与形成。本研究结果可为深入研究AcWRKY基因在洋葱鳞茎形成中的机制提供参考。
关键词：洋葱;;WRKY基因家族;;生物信息学分析;;基因表达;;转录组分析
基金资助：山东省农业科学院农业科技创新工程项目“高效蔬菜育种与栽培关键技术研究”(CXGC2023F08);; 国家现代农业产业技术体系项目(CARS-24-A-10)
