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作者：李啟恩;田甜;扎西卓玛;完地高;郭肖;李海月;王久利;
单位：青海大学藏医学院藏药研究中心;甘肃农业大学草业学院;青海民族大学青藏高原资源化学与生态环境保护国家民委重点实验室;
摘要：本研究利用CodonW和CUSP软件分析珍稀藏药尼泊尔黄堇叶绿体基因的密码子使用模式，确定最优密码子，探讨密码子使用模式的影响因素及其与基因功能的关系.结果显示：(1)尼泊尔黄堇叶绿体基因组密码子3个位置的GC分布为GC_1> GC_2> GC_3,RSCU > 1和RSCU<1的密码子各31个，偏向以A/U结尾，ENC值范围为37.66～61.00，均值49.13,CAI在0.11～0.29之间，均值0.17；(2)尼泊尔黄堇叶绿体基因组上确定了20个最优密码子；(3)中性绘图、ENC-GC_(3s)和PR2-plot均显示绝大多数功能基因的密码子使用的偏好性受突变和自然选择压力的共同影响，且以自然选择的影响为主；(4)尼泊尔黄堇叶绿体基因组中与光合作用密切相关的基因可能受到了突变和选择的强烈作用，导致这些基因的密码子使用具有共同特征，表现为密码子使用模式与基因功能有较大的相关性.
关键词：尼泊尔黄堇;;矮紫堇;;叶绿体基因;;密码子使用;;基因功能
基金资助：国家自然科学基金资助项目(82260828);; 青海民族大学校级项目(2022-JYQN-002)
