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作者:谢鑫峰;钟梓奇;王子轶;程文豪;郎艺;严涛;覃尧;肖倩;
单位:海南大学热带农林学院;
摘要:为筛选文昌鸡初生重相关联的候选基因,本研究采集235只文昌鸡初生重表型值,结合全基因组重测序获得的12 085 689个高质量单核苷酸多态性位点(SNP),利用GEMMA软件进行全基因组关联分析(GWAS)。结果显示:与初生重相关的潜在SNP位点共有11个;通过基因功能注释,确定了6个可能影响初生重的候选基因,分别为cAMP响应元件结合蛋白5(CREB5)、锯齿状Notch配体1(JAG1)、蓝带WH2重复蛋白(COBL)、WD重复结构域11(WDR11)、FIG4磷酸肌酸5-磷酸酶(FIG4)和跨膜结构域蛋白(VSTM2A);进一步富集分析发现,ATP和钙离子结合、钙离子信号通路和MAPK信号通路在初生重中发挥重要作用。本研究结果为文昌鸡初生重相关性状提供了重要的候选分析标记,为进一步选育优良品种提供理论支持。
关键词:全基因组关联分析;单核苷酸多态性;文昌鸡;初生重;生长性状
基金资助:海南省自然科学基金高层次人才项目(2019RC034)