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山西农业大学学报(自然科学版)2025年第01期:蚕豆萎蔫病毒2根芹分离物全基因组测序与分析

来源:期刊VIP网 时间:


作者:郭孟泽;尹任;孙平平;张磊;李文彪;郑莎;李正男;

单位:内蒙古农业大学园艺与植物保护学院;内蒙古自治区农牧业技术推广中心经济作物技术处;

摘要:[目的]获取蚕豆萎蔫病毒2(broad bean wilt virus 2,BBWV 2)内蒙古根芹(Apium graveolens var. rapaceum)分离物全基因组序列,并将该基因组序列与其它BBWV 2分离物基因组序列进行一致性、系统发育及重组等分析。[方法]以疑似感染病毒的根芹叶片样品为试验材料,利用NGS技术确定样品中感染病毒的种类,通过RT-PCR技术结合cDNA末端快速扩增技术(Rapid amplification of cDNA ends,RACE)验证病毒种类,使用VectorNTI、MEGA11、SDTV1.2以及RDP4等软件对克隆到的BBWV 2内蒙古根芹分离物20IM-ApGr进行全基因组序列分析。[结果]成功克隆了BBWV 2内蒙古根芹分离物20IM-ApGr两条RNA的完整序列;序列一致性分析结果显示,20IM-ApGr与其它分离物在Pro-RdRp区域和CPs区域的氨基酸序列一致率分别为85.2%~99.5%和82.8%~92.7%;基于BBWV 2基因组的Pro-RdRp区域和CPs区域所构建的系统发育树均可以将目前已知的BBWV 2分离物分为2个分支,其中本研究所获得的分离物均处于第II分支,并分别与中国辣椒分离物Hunan、XJ14-3亲缘关系最近。[结论]明确了造成根芹叶脉黄化以及叶片皱缩的病毒性病原为BBWV2,首次获得BBWV 2内蒙古根芹分离物的全基因组序列,并阐述了其与已知的BBWV 2分离物之间的进化关系,可为BBWV 2株系划分、遗传进化研究奠定理论基础。

关键词:根芹;;蚕豆萎蔫病毒2号;;序列一致性;;系统发育分析

基金资助:内蒙古自治区自然科学基金(2023LHMS03020);; 内蒙古自治区科技重大专项(2021ZD0001);; 内蒙古农业大学高层次人才科研启动金项目(NDYB2019-1)