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基因组学与应用生物学2024年第01期:基于RNA-seq的无量山乌骨鸡(Gallus gallus)肝脏脂代谢相关miRNAs的筛选

来源:期刊VIP网 时间:


作者:施艳燕;段俊保;欧正淼;周杰珑;陈粉粉;

单位:西南林业大学生命科学学院;

摘要:为研究无量山乌骨鸡(Gallus gallus)肝组织脂代谢相关miRNA (microRNA)在不同发育阶段的表达特征,本研究采集出壳当日(D1)和168日龄(D168)母鸡肝组织样品作为试验材料,利用DNBSEQ平台进行测序,采用DEGseq筛选差异表达的miRNA及其靶基因,随机选取9个差异表达miRNA进行RT-qPCR验证,KEGG通路分类筛选出脂代谢相关miRNA并进行聚类分析,预测脂代谢相关miRNA靶基因并进行GO和KEGG通路功能富集,构建脂代谢相关miRNA和靶基因关联网络。分析结果表明,筛选出106个差异表达miRNAs,包括54个上调miRNA和52个下调miRNA;聚类得到41个脂代谢相关的miRNAs;预测到38个靶基因,对靶基因的功能注释确定主要富集于甘油磷脂代谢、脂肪酸代谢和鞘脂代谢等脂质代谢相关通路,novel-gga-miR2311-5p-DGKZ、 novel-gga-miR2047-3p-ACACA、 novel-gga-miR866-3p-DGKH是脂代谢相关候选miRNA-mRNA关系对。研究提示无量山乌骨鸡肝组织miRNA在不同发育阶段的表达特征存在差异,研究结果可为无量山乌骨鸡肝组织miRNA调控脂代谢的分子机制提供参考。

关键词:无量山乌骨鸡;肝组织;脂代谢;miRNA

基金资助:云南省特色优势重点学科生物学一级学科建设项目(50097505); 云南省高等学校大学生创新创业训练计划项目(202110677073)共同资助