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作者：张锦雄;潘扬健;孟雪莉;唐伊红;巴依提力·努尔旦艾力;王鑫;左振文;陈清华;郭顶亮;韦冰冰;陈陆坤;
单位：广西大学计算机与电子信息学院;广西高校并行分布与智能计算重点实验室;
摘要：细胞生物过程具有时序动态性，蛋白质功能模块是驱动细胞生物过程的功能单位。为了蛋白质功能模块识别，本文将细胞生物过程建模为动态时序表达相关蛋白质相互作用网络(DTEPIN);构建子块矩阵以表示动态时序表达相关蛋白质相互作用网络；利用子块矩阵特殊性，分析时空复杂度和并行性；优化设计马尔可夫聚类算法，以识别动态时序表达相关蛋白质相互作用网络中的蛋白质功能模块。为了支持基于子块矩阵马尔可夫聚类过程，本文运用图形处理器并行计算矩阵乘积。实验结果表明，与已有同类算法相比，所设计算法识别的蛋白质功能模块，统计匹配质量更高且精确匹配数量更多。
关键词：蛋白质功能模块;蛋白质-蛋白质相互作用;动态时序表达;马尔可夫聚类;GPU并行计算
基金资助：国家自然科学基金(62362004)资助
