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基因组学与应用生物学2024年第02期:水产经济鱼类基因组大数据平台的构建与应用

来源:期刊VIP网 时间:


作者:徐淑坦;舒道德;曾魁;陈明;

单位:上海海洋大学农业农村部渔业信息重点实验室;上海海洋大学信息学院;

摘要:水产经济鱼类是人类重要的蛋白质来源,对其基因组的研究在分子育种、分析水生生物进化等方面起到重要作用。目前,国内缺少分析水产经济鱼类基因测序数据的综合性数据平台。本文搜集并整理了20余种水产经济鱼类的基因组测序数据,并开发了水产经济鱼类基因组大数据平台。该平台包括数据存储、数据下载、数据分析,以及数据可视化展示等模块。通过该平台,用户可以快速检索鱼类基因的功能、表达水平、基因保守性以及共线性等。本研究开发的鱼类大数据平台将促进水产领域对鱼类基因组的分析。该大数据平台可通过IP 47.96.156.188访问。

关键词:大数据平台;基因组功能;基因表达水平;基因保守性;共线性

基金资助:广东省重点领域研发计划专项(2021B0202070001); 上海海洋大学科技发展专项基金(自然科学)(A2-2006-21-200208)共同资助