来源：期刊VIP网 时间：
作者：靳晓磊;张慧芳;杨晶;赵欣;张依;肖迪;
单位：中国疾病预防控制中心传染病预防控制所,传染病溯源预警与智能决策全国重点实验室;
摘要：目的 建立基于质谱的旱獭埃希菌快速筛检方法，为新型病原体感染诊断和流行病学监测提供技术支撑。方法 采用全球通用的质谱微生物鉴定商业软件Biotyper~?和ClinProTools~?构建基于蛋白质层面的旱獭埃希菌标准参考谱库及甄别分析数学模型，并采用60个属、193个种，共474株菌进行方法验证，用于快速筛检纯培养菌落中的旱獭埃希菌；采用多重聚合酶链式反应（PCR）–质谱微测序技术，通过比对分析，筛选特异性标靶基因，设计特异性多重PCR引物及质量探针延伸引物并优化检测体系，建立基于核酸层面的非培养样品中旱獭埃希菌直接筛检方法，并采用8个属、13个种的66株病原菌以及模拟尿液，粪便感染样本进行方法检测能力验证。结果 本研究成功构建旱獭埃希菌标准参考谱库，经60个属、193个种，474株菌进行数据库鉴定，准确性为100.00%，验证菌株特异性为99.80%，旱獭埃希菌特异性为100.00%，表明该方法可准确鉴定旱獭埃希菌；通过参数优化构建了遗传算法旱獭埃希菌甄别模型，采用上述474株病原菌验证数学模型，模型准确性为100.00%，验证菌株特异性为96.40%，旱獭埃希菌特异性为100.00%，可准确鉴定旱獭埃希菌；采用多重PCR–质谱微测序技术，确定了5个突变位点gyr A-1716、gyrA-2172、secA-1362、era-126和era-474，针对位点设计了3对特异性质量探针延伸引物，建立了旱獭埃希菌检测系统，使用66株病原菌验证系统的准确性、验证菌株特异性以及旱獭埃希菌特异性，结果均为100.00%，满足旱獭埃希菌的鉴定要求。模拟尿液感染旱獭埃希菌样本的最低检出限为450个菌，模拟感染旱獭埃希菌粪便样本的最低检出限为4.50×10~3个菌。结论 本研究建立了3种基于基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱的旱獭埃希菌筛检方法，为旱獭埃希菌鉴定及其感染临床诊断提供技术支撑。
关键词：旱獭埃希菌;;基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱;;多重聚合酶链式反应–质谱微测序技术;;标准参考谱;;甄别模型
基金资助：首都公共卫生发展专项项目(No.2024-1G-4362);; 新型病原体(旱獭埃希菌)筛查技术的开发与应用(No.08068)~~
