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作者：胡晓玉;肖成朋;高超群;张晨曦;史浚来;贾鑫涛;王克君;李文婷;
单位：神农种业实验室;河南农业大学动物科技学院;
摘要：【目的】对河南斗鸡品种的遗传多样性与全基因组选择信号进行分析，挖掘河南斗鸡品种重要的种质特性基因。【方法】使用AffymetrixAxiom 600K高密度鸡基因分型芯片对来自9个品种的173只鸡的群体(包括20只河南斗鸡及153只商品鸡)进行基因分型；计算各个品种的期望杂合度、观测杂合度、次等位基因频率及核苷酸多样性评估地方鸡群体的遗传多样性；通过构建系统发育树、主成分分析、祖先成分分析方法研究品种的群体结构；利用斗鸡与商品鸡的成对遗传分化指数值进行选择信号分析。【结果】河南斗鸡及各商品鸡群体的观测杂合度为0.153～0.311,期望杂合度为0.158～0.315,次等位基因频率为0.111～0.234,核苷酸多样性为9.77×10~(-5)～1.56×10~(-4),且斗鸡的遗传多样性低于商品肉鸡品种，高于商品蛋鸡品种。系统发育树、主成分分析及祖先成分分析表明品种间有明显的群体分化。河南斗鸡与商品鸡群的主成分分析发现，河南斗鸡与商品肉鸡品种的遗传距离相对较近；将河南斗鸡和商品鸡群进行遗传选择信号后分析发现，河南斗鸡在神经，骨骼肌肉发育，免疫等性状经过高度选择。【结论】本研究从全基因组水平探究了河南斗鸡的遗传多样性和群体结构，筛选出候选基因，为河南斗鸡遗传资源保护和利用提供参考。
关键词：河南斗鸡;;遗传多样性;;群体结构;;选择信号;;全基因组;;单核苷酸多态性
基金资助：神农种业实验室一流课题(SN01-2022-05);; 河南省优秀青年科学基金项目(232300421034)
