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作者：姜红军;席丽;秦新喜;杜乐响;
单位：昌邑市畜牧业发展中心;商丘师范学院生物与食品学院;西北农林科技大学动物医学院;广州通达生物科技有限公司;
摘要：为了探究腹泻青头潜鸭肠道细菌及真菌群落的变化特征，试验采集健康青头潜鸭(对照组)和腹泻青头潜鸭(腹泻组)粪便样品各8份，分别对两组粪便细菌16S rRNA V3-V4区基因及真菌ITS-1区基因进行PCR扩增，采用Illumina HiSeq 2500高通量测序平台进行测序，对两组进行操作分类单元(operational taxonomic units, OTU)聚类分析、肠道微生物群组成分析、α多样性(ACE指数、Chao1指数、Simpson指数和Shannon指数)和β多样性分析，并采用线性判别分析效应量[linear discriminant analysis effect size, LEfSe]寻找两组生物标志物。结果表明：两组细菌群落共享OTU数为637个，独享OTU数分别为2个和6个；两组真菌群落共享OTU数为1 109个，独享OTU数分别为264个和116个。在细菌群落门水平上，两组肠道优势菌门均为厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes);与对照组相比，腹泻组肠道蓝藻菌门(Cyanobacteria)、梭杆菌门(Fusobacteria)和酸杆菌门(Acidobacteria)的相对丰度显著降低(P<0.05)。在细菌群落属水平上，对照组肠道优势菌属为假单胞菌属(Pseudomonas)和未培养属(Muribaculaceae),腹泻组肠道优势菌属为微小杆菌属(Exiguobacterium)和嗜冷杆菌属(Psychrobacter)。在真菌群落门水平上，两组肠道优势菌门均为子囊菌门(Ascomycota)和担子菌门(Basidiomycota);与对照组相比，腹泻组肠道罗兹菌门(Rozellomycota)的相对丰度极显著降低(P<0.01)。在真菌群落属水平上，对照组肠道优势菌属为镰刀菌属(Fusarium)、威克汉姆酵母属(Wickerhamomyces)和链格孢属(Alternaria),腹泻组肠道优势菌属为威克汉姆酵母属(Wickerhamomyces)、链格孢属(Alternaria)和青霉菌属(Penicillium);与对照组相比，腹泻组肠道链格孢属的相对丰度显著升高(P<0.05)。与对照组相比，腹泻组肠道细菌群落ACE指数和Chao1指数显著降低(P<0.05),Simpson指数和Shannon指数差异不显著(P>0.05),腹泻组肠道真菌群落ACE指数显著降低(P<0.05),Chao1指数、Simpson指数和Shannon指数差异不显著(P>0.05)。两组间肠道微生物群β多样性没有差异。在细菌群落方面，对照组肠道细菌群落的生物标志物为乳杆菌目(Lactobacillales)、肉杆菌科(Carnobacteriaceae)、肉食杆菌属(Carnobacterium)、肉食杆菌属未培养种(uncultured Carnobacterium)、丹毒丝菌目(Erysipelotrichales)、丹毒丝菌科(Erysipelotrichaceae)、丹毒丝菌纲(Erysipelotrichia)、丹毒丝菌科未培养属(uncultured Erysipelotrichaceae)和丹毒丝菌科未培养种(uncultured Erysipelotrichaceae),腹泻组细菌群落未发现生物标志物。在真菌群落方面，对照组肠道真菌群落的生物标志物为丛赤壳科(Nectriaceae)、被孢霉门(Mortierellomycota)、锥盖伞属(Conocybe)、粪锈伞科(Bolbitiaceae)、伞菌目(Agaricales)、盘菌纲(Pezizomycetes)、盘菌目(Pezizales)、毛壳科(Chaetomiaceae)、伞菌纲(Agaricomycetes)、粪壳菌目(Sordariales)和粪壳菌纲(Sordariomycetes);腹泻组肠道真菌群落的生物标志物为酵母目(Saccharomycetales)、酵母纲(Saccharomycetes)、异常威克汉姆酵母(Wickerhamomyces anomalus)、威克汉姆酵母属(Wickerhamomyces)、法夫酵母科(Phaffomycetaceae)、迈耶氏酵母属(Meyerozyma)和卡利比克迈耶氏酵母(Meyerozyma caribbica)。说明腹泻青头潜鸭肠道微生物群组成发生明显变化，α多样性有降低趋势，有益菌群相对丰度减少，同时推测威克汉姆酵母属和迈耶氏酵母属成员菌在肠道内的异常富集与青头潜鸭腹泻有关。
关键词：青头潜鸭;;腹泻;;细菌群落;;真菌群落;;菌群丰度;;菌群组成
基金资助：河南省科技攻关计划项目(222102320024)
