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作者:张冲;邹林;佟玲;郗璐;刘肖;王芳;张猛;
单位:北京市通州区疾病预防控制中心;北京市通州区郎府社区卫生服务中心;
摘要:目的 分析2023年北京市通州区学校呼吸道腺病毒暴发疫情的病原基因组学及流行病学特征,为疫情防控提供依据。方法 收集2023年北京市通州区学校呼吸道感染不明原因发热病例,经荧光聚合酶链式反应(PCR)鉴定为腺病毒核酸阳性呼吸道标本,采用PCR方法扩增六邻体基因片段,进行核苷酸序列测定及初步分型鉴定,并使用全基因组靶向多重扩增测序方法,获取腺病毒全基因组序列,用于遗传进化溯源树分析及监控基因组变异情况。结果 2023年北京市通州区学校4 653份呼吸道感染发热病例中,共报告1例腺病毒散发病例与3起腺病毒暴发疫情,涉及14所学校,腺病毒荧光PCR检测阳性89份。对其中的63份进行普通PCR扩增六邻体基因片段,成功扩增测序得到58份基因序列,经Blast比对及进化树分型,初步鉴定所有样本均为人腺病毒B3型。选取其中15份样本进行全基因组测序,组装序列的腺病毒基因组覆盖度均大于99%,进化树溯源分析15份样本均与人腺病毒B3型2021年北京流行株MW748663.1亲缘关系最近,同源性均在99.75%以上,测试样本基因组未发现重组事件发生。结论 2023年北京市通州区学校腺病毒感染病例主要流行株基因型别为HAdV-B3型,未发现明显基因组变异情况。
关键词:呼吸道腺病毒;;流行病学;;暴发疫情;;六邻体;;全基因组测序