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作者：张小玄;柯自立;徐海滨;罗朝晨;高亚东;杨劲松;
单位：福建医科大学公共卫生学院;福建省疾病预防控制中心传染病防治所;福建省人兽共患重点实验室;
摘要：目的 掌握福建省产毒型O139群霍乱弧菌的基因组特征，为霍乱防控提供依据。方法 收集2008—2022年福建省产毒型O139群霍乱弧菌，采用最小抑菌浓度（MIC）法进行药敏试验；通过二代测序技术获得菌株的全基因组序列，通过在线网站预测实验菌株的毒力基因与耐药基因，并使用snippy、prokka等软件及在线分析网站结合美国国家生物技术信息中心（NCBI）全球霍乱弧菌基因组数据库进行核心基因组多位点序列分型（cgMLST）、核心基因组单核苷酸多态性（cgSNP）分析。结果 本研究收集的13株O139群霍乱弧菌序列分型（ST）均为69型。cgMLST结果显示，13株O139群霍乱弧菌除FJ2008026外核心位点差异并不大，而FJ2008026菌株与浙江省杭州市分离出的两株O1群霍乱弧菌亲缘较近。cg SNP结果显示，菌株分为2个不同的遗传分支，其中FJ2008026与NCBI数据库中上海市在2005年分离出的菌株处于同一遗传分支,其余12株均处于同一遗传分支。结合cgMLST和cgSNP结果总体来看，本研究收集的13株产毒型O139群霍乱弧菌遗传关系相近。药敏试验显示，喹诺酮类药物和氨基糖苷类药物的耐药表型与菌株的耐药基因携带情况完全对应，其他抗生素的耐药表型和菌株的耐药基因携带情况并不完全一致，尚有未知的耐药机制有待分析。菌株均携带ctx AB、ace、tcp A、rst R、rtx A、rtx C、hly A-El、msh A、tox R、tox S、tox T、vas H、vasX、vgrG等毒力基因，VSP-1、VSP-2毒力岛以及Ⅵ型分泌系统（T6SS），其中2014年与2022年分离出的7株O139群霍乱弧菌携带第七次大流行的特征基因VC2346。结论 福建省产毒型O139群霍乱弧菌基因组特征高度保守，且耐药严重，鉴于其长期分布在福建省内，尤其是沿海地区易引起聚集性的暴发，需加强对O139群霍乱弧菌监测。
关键词：O139群霍乱弧菌;;全基因组测序;;耐药基因;;毒力基因;;核心基因单核苷酸多态性分析
基金资助：福建省自然科学基金(No.2022J01399);; 福建省卫生健康科技计划项目(No.2021CXA024)~~
