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作者：韦韩东;陈数星;刘琳婷;景子涵;杨译婷;宋琼;王闻楚;邹春林;王丽惠;
单位：广西医科大学基础医学院,转化医学研究中心,长寿与老年相关疾病教育部重点实验室,神经科学研究所“广西脑科学研究”重点实验室;广西医科大学第一临床医学院;广西医科大学生命科学研究院;
摘要：目的 以基因表达数据库中已发表的芯片数据为基础，使用生物信息学方法筛选差异表达基因，以期发现与肺腺癌诊断/预后及耐药性相关的分子标志物。方法 对基因表达综合数据库(GEO)中已发表的肺腺癌mRNA芯片数据集GSE32863和肺腺癌耐药mRNA芯片数据集GSE77209进行差异表达分析；通过生物学功能注释、基因通路富集分析、蛋白质相互作用网络分析等生物信息学方法发现和识别与差异表达基因相关的生物学功能和信号通路；在癌症基因组图谱(TCGA)肺腺癌数据集中验证差异表达基因在正常肺组织和癌组织中的表达及对肺腺癌患者生存的影响；基于CellMiner跨数据库平台(CellMiner CDB)中癌症药物敏感性基因组学数据集(GDSC),通过Pearson相关分析法分析差异表达基因与抗癌药物半数抑制浓度(IC_(50))之间的相关性。结果 共77个基因在肺腺癌组织和耐药细胞中显著性差异表达。差异表达基因主要富集到了微管、外泌体、细胞周期、核受体的信号传导等癌症相关生物学过程。构建蛋白质相互作用(PPI)网络筛选分子复合物子网络(MCODE),其中5个相关性最高的基因作为耐药核心基因，包括泛素偶联酶E2 T(UBE2T)、驱动蛋白家族成员20A(KIF20A)、PCNA钳夹相关因子(KIAA0101)、垂体瘤转化基因-1(PTTG1)和NIMA相关激酶2(NEK2)。生存分析结果显示这5个基因在肺腺癌组织和耐药细胞中均上调并与肺腺癌患者的不良预后显著相关。药敏分析结果提示高表达PTTG1和UBE2T与包括紫杉醇、多烯紫杉醇在内的多种抗肿瘤药物的敏感性显著性相关。RT-PCR验证显示PTTG1和UBE2T在A549和H358多烯紫杉醇耐药细胞(A549-TXR和H358-TXR)中高表达。结论 PTTG1和UBE2T具备成为肺腺癌耐药分子标志物的潜能。
关键词：非小细胞肺癌;;肺腺癌;;生物信息学;;差异表达基因;;分子标志物;;耐药
基金资助：广西自然科学基金区域高发疾病研究联合专项(编号：2023GXNSFAA026338);; 国家自然科学基金项目(编号：81803564、82160448、82160482);; 大学生创新创业训练计划项目(编号：202210598040、202210598038、202210598 033、202110598029)~~
