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作者：艾丽双;杜秋明;房琳琳;张锋;郑辉;王英丽;王志亮;李林;包静月;李海峰;
单位：延边大学农学院;中国动物卫生与流行病学中心;延边朝鲜族自治州动物疫病预防控制中心;
摘要：为了建立一种简便可靠的牛结节性皮肤病病毒（LSDV）全基因组测序（WGS）方法，以便及时掌握LSDV毒株流行情况。本试验根据参考文献设计并优化23对LSDV中央区域序列的扩增子引物，以及1对基因组5′和3′末端的扩增子引物，确保能够覆盖病毒全基因组序列。将PCR扩增产物经1%琼脂糖凝胶电泳验证后进行Nanopore测序，使用生物信息学软件对测序数据进行组装和分析，通过二代测序验证Nanopore测序方法的准确性。为了识别4份样品所获得LSDV毒株的祖先并揭示它们之间的亲缘关系，将组装后的全基因组序列与49条代表性LSDV全基因组序列进行多序列比对，构建基于WGS的系统发育树。结果显示，本试验成功使用PCR扩增结合Nanopore测序技术建立了针对LSDV的WGS方法。该方法从4份LSDV阳性样品中获得的LSDV基因组测序覆盖度均超过96.00%，与二代测序结果一致性皆能达到99.99%。该方法在测序深度较低时仍能完成基因组组装，且在基因组的重复序列和结构变异中表现出明显优势。经全基因组系统发育分析，所获得的4株毒株序列均属于Clade 2.5。结果表明，本试验成功建立了基于扩增子的LSDV全基因组Nanopore测序方法，该方法具有操作简便、结果可靠的优势，可为当前我国牛结节性皮肤病（LSD）防控和分子流行病学研究提供技术支持。
关键词：牛结节性皮肤病病毒(LSDV);;Nanopore测序;;全基因组测序(WGS);;遗传进化分析
基金资助：国家重点研发计划(2020YFD1800500);; 中国动物卫生与流行病学中心创新基金项目(DW2022001)
