来源：期刊VIP网 时间：
作者：程彩虹;刘巧霞;杨建军;王政坤;周胜花;杨子森;杨帅;程俐芬;
单位：山西省畜牧技术推广服务中心;山西农业大学动物科学学院;
摘要：本研究通过分析灵丘青背山羊(待鉴定)的遗传多样性及群体遗传结构,为其新种质资源鉴定提供科学依据。以灵丘青背山羊、太行山羊、吕梁黑山羊和济宁青山羊共332只羊作为研究对象,采用“中芯一号”65K SNP芯片检测全基因组SNP,利用Plink(v1.90)、VCFtools(v0.1.17)、SNeP(v1.10)和PopLDdecay(v1.90)软件进行遗传多样性分析,利用GCTA(v1.94)、MEGA v11.0.13、Admixture(v1.30)软件分析群体遗传结构。结果表明:从332个样品中共识别出59 727个SNP,经过质量控制后剩余51 819个SNP;主成分分析(PCA)和系统进化树分析结果显示,灵丘青背山羊独立于其他3个群体单独聚类;祖先成分结构分析结果显示,当K=5为最佳聚类数,灵丘青背山羊表现出特有的祖先成分比例;连锁不平衡分析(LD)结果显示,灵丘青背山羊的衰减速度介于吕梁黑山羊和太行山羊之间,其基因组选择程度适中;灵丘青背山羊有效群体含量(Ne)、群体的期望杂合度(He)、观察杂合度(Ho)、群体的多态标记比例(P_N)及核苷酸多样性(Pi)分别为16.4、0.381 7、0.382 6、0.899 0、0.384 0;灵丘青背山羊与济宁青山羊、吕梁黑山羊、太行山羊的群体分化指数(F_(ST))分别为0.047 9、0.032 8、0.021 7,分化程度较低;亲缘关系分析结果显示,灵丘青背山羊群体内个体间的亲缘关系相对较远(0.006 2),说明群体内近交程度较低。综上,灵丘青背山羊独立于其他3个群体单独聚类,且具有一定的遗传多样性,群体内近交程度较低,可作为一个潜在的新遗传资源进行鉴定。
关键词：灵丘青背山羊;;SNP芯片;;遗传多样性;;群体遗传结构
基金资助：山西省现代农业产业技术体系建设专项资金;; 2022年省级乡村振兴资金计划(现代种业发展项目)
