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作者：庞春英;梁莎莎;文崇利;钟华配;韦科龙;梁淦;梁宇辰;陈笑寒;黄斌;冯玲;梁贤威;
单位：广西水牛研究所/农业农村部(广西)水牛遗传繁育重点实验室;
摘要：旨在利用竞争性等位基因特异性聚合酶链式反应(competitive allele specific PCR,KASP)技术，探讨水牛分子身份证构建的方法，为今后水牛品种精准鉴定及其品种资源的保护等提供技术支撑。基于水牛基因组重测序获得单核苷酸多态性(SNP)位点信息，筛选合适SNP位点，通过转化标记获得可用于分子身份证构建的SNP位点，进行遗传多样性、群体结构分析，并分别使用二进制和十进制构建14个水牛品种的DNA分子身份证。结果：基于前期研究的10头不同水牛品种基因组重测序数据，筛选获得284个在不同种间有差异且品种内一致的SNPs位点，在40个水牛样本中测序并结合桑格(Sanger)测序验证获得的60个SNPs位点，6个位点未能正常分型，转化成功率为90%,有效等位基因(Ne)平均值为1.522,香农信息指数(SHA)平均值为0.503,观察杂合度(Ho)和期望杂合度(He)平均值分别为0.182和0.328,多态性信息含量值(PIC)平均值为0.269;除去20个在部分水牛品种中位点缺失的SNPs位点，应用34个SNPs位点进行群体遗传结构分析表明14个水牛品种分为2个类群，其中槟榔江水牛、尼里/拉菲水牛和摩拉水牛的遗传距离与其他11种水牛的较远，同为1个类群；最终根据34个SNPs位点构建了14个水牛品种的分子身份证。综上，应用KASP技术并结合遗传多样性和群体结构分析，成功开发出能精准区分全部供试水牛品种的34个SNPs位点，并构建了14个水牛品种具有唯一性的二进制和十进制分子身份证，说明此方法可有效构建水牛分子身份证。
关键词：水牛;竞争性等位基因特异性技术;SNP标记;分子身份证
基金资助：农业农村部畜禽种质资源精准鉴定项目(202103); 广西科技重大专项(桂科AA16450002)
