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作者：叶霄霞;罗侣;聂浩洋;刘福洲;李海洋;廉帅;纪菁蕊;韦明邦;商鹏;强巴央宗;
单位：西藏农牧学院动物科学学院;藏猪遗传改良与繁殖工程重点实验室;西藏特色农牧资源研发省部共建协同创新中心;
摘要：为阐述藏猪猪细小病毒（PPV）非结构蛋白1(NS1)和结构蛋白2(VP2)的生物信息学特征，本试验对疑似患病西藏本土藏猪血液样本进行聚合酶链式反应（PCR）和全基因组测序鉴定，阳性样本进行病毒分离并观察细胞病变效应（CPE），绘制PPV分离株遗传进化树进行亲缘性分析；运用在线网站和软件对PPV分离株的NS1和VP2蛋白氨基酸进行生物信息学分析，获取2种蛋白的理化性质和空间结构。结果显示，经PCR和全基因组测序鉴定，分离获得1株西藏本土PPV，其基因组序列的大小为4 336 bp，根据地域特点命名为PPV/China/XZ(XZ-PPV)；进化树分析结果显示，XZ-PPV与国内参考株KX233726TJ、KJ201927和德国参考株JN400516 7a、JN400517 8a等PPV参考株处于同一分支，亲缘关系最近；生物信息学分析结果显示，XZ-PPV的NS1和VP2蛋白都属于亲水性稳定蛋白，二者均无信号肽序列和跨膜结构域，在二级结构中均以无规则卷曲为主要空间结构，且这2种蛋白的空间构象均相对稳定。综上所述，本试验发现XZ-PPV与目前已知PPV毒株的氨基酸亲水性位点和蛋白空间结构存在差异，如NS1和VP2蛋白存在亲水区域的氨基酸位点以及二级结构（α螺旋和β转角等）所占比例存有异同，可为后续PPV的诊断和相关疫苗研发提供数据支撑，也可为其防控和治疗提供一定的理论依据。
关键词：藏猪;;猪细小病毒(PPV);;生物信息学分析;;二级结构;;NS1蛋白;;VP2蛋白
基金资助：国家重点研发计划（2022YFD1600903）;; 国家自然科学基金地区科学基金项目（32160773）;; 西藏自治区科技计划项目（XZ202202JD0002N）;; 西藏自治区重大科技专项项目（XZ202101ZD0005N）
