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疾病监测2025年第12期:基于全基因组测序的2022-2023年河北省耐多药结核分枝杆菌耐药突变特征分析及检测效能评价

来源:期刊VIP网 时间:


作者:张俊丽;解冰洁;李梦茹;宋少璇;石新玲;张会民;李国刚;李琦;

单位:河北省疾病预防控制中心;河北医科大学公共卫生学院;

摘要:目的 了解河北省耐多药结核分枝杆菌(MDR-MTB)耐药相关基因突变特征,评估全基因组测序(WGS)的耐药检测效能,验证WGS在结核病临床诊疗和耐药监测中的应用潜能。方法 收集2022-2023年河北省11个市的结核分枝杆菌临床分离株,进行菌种鉴定和比例法表型药敏试验(pDST)后,对筛选出的152株MDR-MTB菌株进行WGS分析。与H37Rv参考基因组序列进行比对后获得耐药突变位点,以pDST结果为金标准,评价WGS对10种抗结核药物耐药性预测的灵敏度、特异度、一致性等。结果 152株MDR-MTB分离株对异烟肼(INH)、利福平(RFP)、链霉素(SM)、乙胺丁醇(EMB)、氟喹诺酮类(FQs)、二线注射类[SLIDs,包括卡那霉素(KM)、阿米卡星(AM)、卷曲霉素(CM)]、吡嗪酰胺(PZA)的耐药相关基因的主要突变类型为katG p.Ser315Thr(115/143,80.42%)、rpoB p.Ser450Leu(112/151,74.17%)、rpsL p.Lys43Arg(108/136,79.41%)、embB p.Met306Val(32/83,38.55%)、gyrA p.Ala90Val(24/65,36.92%)、rrs n.1401A>G(93.33%~100.00%)、pncAp.Asp136Gly(12/70,17.14%);此外,其中1株分离株出现利奈唑胺(LZD)耐药相关基因突变,突变位点为RplC p.Cys154Arg。WGS预测MDR-MTB对INH和RFP耐药性的灵敏度分别为94.08%和99.34%;预测其对莫西沙星、氧氟沙星、左氧氟沙星耐药性的灵敏度为95.31%~96.77%,特异度为93.41%~95.45%;预测其对KM和AM耐药性的特异度均为100.00%。结论 WGS预测INH、RFP、FQs、KM、AM、CM耐药性表现良好,在结核病诊疗和耐药监测中具有较高的应用潜力。

关键词:结核分枝杆菌;;药物敏感性试验;;全基因组测序;;耐药相关基因突变

基金资助:河北省医学科学研究课题计划(No.20220787)~~