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作者：喻鸣竹;王靖皓;张新雨;张敏;张志东;杨丹娇;周泷;
单位：西南民族大学畜牧兽医学院;四川省甘孜藏族自治州畜牧业科学研究所;
摘要：为明确藏猪源2型猪链球菌的基因组特征和遗传演化关系，本试验利用Illumina HiSeq二代测序和Nanopore三代测序技术，对1株分离于发病藏猪肺脏的2型猪链球菌菌株LD进行全基因组测序，并采用生物信息学方法对其基因组序列进行注释和遗传演化分析。结果显示，LD菌株基因组全长为2 714 470 bp，共2 521个基因，在同源蛋白簇数据库（COG）、基因本体数据库（GO）、京都基因与基因组数据库（KEGG）、碳水化合物活性酶数据库（CAZy）和病原体-宿主互作数据库（PHIbase）中的基因占比分别为80.00%、28.00%、56.29%、2.54%和17.49%。毒力因子分析结果显示，LD菌株拥有132种毒力因子，37.87%的毒力因子作用为干扰宿主免疫系统。耐药基因分析结果显示，LD菌株主要携带4大类抗生素耐药基因，共有83个耐药基因，主要为大环内酯类。蛋白质序列分析预测LD菌株含有78个信号肽蛋白。转运蛋白分类数据库（TCDB）分析获得转运蛋白相关基因378个，运用Tmhmm软件获得跨膜蛋白相关基因569个。遗传演化分析结果显示，LD菌株与2018年我国湖北地区分离株U(GCF＿002964045.1)和2019年荷兰地区分离株W(GCF＿902702775.1)亲缘关系最近。本试验首次对藏猪源2型猪链球菌进行全基因组测序分析，丰富了猪链球菌的基因组数据库，可为甘孜州地区藏猪的健康养殖和疾病防控提供数据参考。
关键词：猪链球菌;;血清2型;;基因组;;遗传演化
基金资助：国家重点研发计划项目（2024YFD1800503）;; 四川省自然科学基金面上项目（2025ZNSFSC0192）;; 甘孜州重点研发项目（24kjjh00018）
