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作者：刘浩东;赵志艳;张鑫;王宇;姚均;徐向东;金聪;
单位：河北医科大学公共卫生学院,河北省环境与人群健康重点实验室;中国疾病预防控制中心性病艾滋病预防控制中心;
摘要：目的 本研究旨在优化低HIV-1病毒载量样本的近全长基因组扩增方法，以提高扩增成功率。方法 针对已有HIV-1近全长基因组扩增方法，从样本加样量、反转录策略、cDNA加样量及样本浓缩环节对方法进行优化，并评估了不同策略对于扩增成功率的影响。结果 针对病毒载量为1×10~4 copies/mL的样本，通过增加加样量至560μL，片段一和片段二的扩增成功率从0/5和2/5分别提高至5/5。当加样量为140μL时，采用双反转录引物策略，片段一的扩增成功率从0/5显著提升至5/5。同时，将cDNA加样量从1μL增加至2μL，片段二的扩增成功率从2/5提高至4/5。对于病毒载量为5×10~3 copies/mL的样本，应用慢病毒浓缩试剂将1400μL样本浓缩至140μL后进行扩增，片段一和片段二的扩增成功率均从0/5显著提高至4/5，且浓缩前后序列相似性为98.71%。结论 本研究优化了低浓度HIV-1样本的核酸提取、反转录、扩增及浓缩条件，提高了HIV-1近全长基因组扩增的成功率，为低HIV-1病毒载量样本的近全长基因组测序提供了可靠的方法学依据。
关键词：1型艾滋病病毒;;近全长基因组扩增;;样本浓缩;;序列分析;;优化
基金资助：北京市自然科学基金-昌平创新联合基金项目（L244069）;; 国家重点研发计划项目（2022YFC2305202）~~
