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作者：张翠;姬晓宇;李健;秦荣;韩孟杰;刘雨秋;刘佩;邢文革;邱茂锋;
单位：中国疾病预防控制中心性病艾滋病预防控制中心传染病溯源预警与智能决策全国重点实验室;河南省疾病预防控制中心性病艾滋病防治所;河南省林州市疾病预防控制中心艾滋病防治科;
摘要：目的 建立下一代测序（NGS）技术检测HCV直接抗病毒药物（DAAs）耐药相关替代突变（RASs）的实验流程和数据分析方法，比较在不同阈值下RASs分析结果与Sanger测序所得RASs结果的关系。方法 选择基因亚型为1b和2a的12份HCV RNA阳性血清样本，提取核糖核酸、反转录和巢式PCR扩增，对PCR产物进行纯化、建库和测序。数据质控、序列比对和组装分别使用Trimmomatic、bowtie2、samtools和quasitools软件完成。结果 12份样本均成功获得HCV RASs检测结果。两种检测方法在检出HCV 1b亚型样本的耐药位点方面具有统计学差异（P<0.01）。NGS在15%阈值时所得RASs分析结果与Sanger测序所得RASs结果相当。本研究识别了高频RASs (C316 N)，低阈值RASs (F43V、V170I、P58S、Y93D和S556G)以及罕见RASs(Q80R、R117C、Y448H和C451Y)。其中，Q80R、V170I、P58S、Y93D和C451Y对现有DAAs敏感，F43V对波普瑞韦敏感性降低、对西美瑞韦耐药，S556G对达撒布韦耐药。结论 本研究建立的NGS方法可以用于检测HCV RASs，低阈值分析有助于发现潜在耐药风险，其临床意义有待进一步研究。
关键词：丙型肝炎病毒;;耐药相关替代突变;;直接抗病毒药物;;下一代测序
基金资助：丙肝防治技术指导与能力建设项目;; 传染病溯源预警与智能决策全国重点实验室项目~~
