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作者：马军;张祥雷;安呈洁;杨学文;张博琳;张武;王鹏冬;
单位：黑龙江省农业科学院经济作物研究所;佳木斯大学理学院;佳木斯大学生物与农业学院;山西农业大学经济作物研究所;
摘要：为探究抗列当食用向日葵杂交种经葵1408的叶绿体基因组特征及密码子偏好性，通过高通量测序技术获取其全基因组数据，对其叶绿体基因组进行组装和注释，筛选出50条编码序列（coding sequence,CDS）用于密码子偏好性分析。结果显示，经葵1408的叶绿体基因组总长151 100 bp，包含1对IR区（inverted repeat）、1个大单拷贝区（large single-copy region,LSC）和1个小单拷贝区（small single-copy region,SSC）；共注释出129个基因，其中有85个基因编码蛋白质，8个基因编码rRNA,36个基因编码tRNA。50条CDS序列GC_1、GC_2、GC_3和GC_(all)平均GC含量分别为47.06%、39.29%、28.36%和38.24%，有效密码子数（ENC）平均值为47.62；中性绘图分析和PR2-plot偏倚分析表明密码子使用偏好主要受到自然选择影响；50条CDS共有20 244个密码子，最优密码子为CUU、CCA、ACU、GCU、UAU、CAU、AAA、GAU和GGA。
关键词：叶绿体基因组;;密码子偏好性;;向日葵
基金资助：黑龙江省农业科技创新跨越工程―经济作物突破性新品种选育及产业化应用(GX23GG04);; 吕梁市重点研发项目(2022NYGG15)
