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作者：李斌;卢冰霞;张胜斌;秦毅斌;赵硕;赵武;陈忠伟;段群棚;全琛宇;许心婷;韦明宇;何颖;
单位：广西兽医研究所广西兽医生物技术重点实验室农业农村部中国(广西)-东盟跨境动物疫病防控重点实验室;广西农垦永新畜牧集团;广西农垦永新畜牧集团西江公司;
摘要：猪圆环病毒2型（Porcine circovirus type 2,PCV2）对养猪业的健康发展造成严重危害。为有效防治PCV2病，探究广西PCV2流行毒株的分子变异、遗传进化情况，我们通过扩增、克隆测序获得25株广西地区PCV2全基因组序列，并从GenBank网站下载广西地区178株PCV2基因序列，57株已知基因分型的PCV2基因参考序列和2株PCV1基因参考序列。对203株广西PCV2应用BioAider软件进行全基因组、ORF1基因、ORF2基因的同源性分析，结果表明广西PCV2全基因组、ORF1基因、ORF2基因同源性分别为92.9%～100%、95%～100%、87.4%～100%；应用DNASP软件进行ORF1基因、ORF2基因的选择压力分析，结果表明广西PCV2 Rep基因、Cap基因的ω值均<1，均受到净化选择作用。对203株广西PCV2、57株PCV2参考毒株和2株PCV1参考毒株的ORF2基因应用RDP软件、SimPlot软件进行基因重组分析，结果检测到有8株广西PCV2为基因重组毒株。应用IQ-TREE软件对246株PCV ORF2基因序列绘制最大似然系统进化树，分析结果可知广西PCV2基因型为PCV2a、PCV2b、PCV2d型，其中PCV2d为目前的优势基因型。应用BEAST软件对195株广西PCV2 ORF2基因序列进行分化时间、遗传进化速率分析，结果可知广西PCV2 ORF2基因最近共同祖先分化时间为1975年，ORF2基因进化速率为2.4182×10~(-3)替代/位点/年。分析结果有助于我们深入了解广西PCV2的遗传特征、进化历程，为PCV2的分子生物学研究和防控研究提供参考。
关键词：猪圆环病毒2型;;全基因组;;测序;;遗传进化;;分析
基金资助：国家现代农业产业技术体系广西创新团队建设专项资金资助（nycytxgxcxtd-2023-15-02）;; 南宁市科技项目（20232039,20222043）;; 玉林市科技项目（玉市科20220515）;; 广西科技项目（桂科专项19-2、22-3、22-4）;; 广西开放基金（22-035-32-B-02,22-035-32-B-01）;; 广西农业科技自筹经费项目（Z202225,Z202223）
