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作者：常乐彬;王冰洁;王畅;刘贤;李新建;王腾飞;王春秀;李秀领;余彤;王克君;柏峻;韩雪蕾;
单位：河南农业大学动物科技学院;河南省畜牧技术推广总站;海南省农业科学院;
摘要：【目的】对猪circYME1L1的环状结构进行鉴定，并利用生物信息学对其功能进行预测和分析，为进一步探讨circYME1L1在脂质代谢中的作用提供参考依据。【方法】基于前期成年期大白猪和确山黑猪背最长肌的全转录组测序数据，以筛选到的环状RNA(circYME1L1)作为研究对象，通过Sanger测序、RNase R消化试验和亚细胞定位试验，对其环状结构、稳定性和细胞内分布情况进行鉴定和分析，同时利用miRanda和TargetScan预测circYME1L1可能互作的miRNA及其下游靶基因，并对其进行基因本体（gene ontology,GO）和京都基因与基因组百科全书（kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）富集分析。【结果】猪circYME1L1是由YME1L1基因的9～11外显子环化形成的环状RNA分子，具有抗RNase R酶降解的特性，且主要存在于细胞质中，并在器官或组织中广泛表达，其中，在脂肪、肺脏和肾脏中显著高于其他器官或组织。生物信息学分析结果显示，circYME1L1与AGO、CELF2和PTBP1等蛋白质存在多个结合位点；通过构建circYME1L1-miRNA-mRNA调控网络，鉴定出3个靶向miRNA(ssc-miR-31、ssc-miR-149和ssc-miR-532-3p)及其下游靶向的226个基因；GO功能富集分析显示，circYME1L1的靶基因主要富集到能量代谢、生长因子活性和RNA聚合酶的正向调控等条目；KEGG通路富集分析显示，circYME1L1的靶基因显著富集到PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路和脂肪消化与吸收等与脂质代谢相关的通路。此外，circYME1L1可能作为竞争性内源RNA(competing endogenous RNAs, ceRNA)网络调控脂质代谢相关的基因表达。【结论】猪circYME1L1在体内稳定存在，且具有参与调控脂质代谢等潜在的生物学作用。
关键词：猪;;亚细胞定位;;circYME1L1;;靶基因预测;;脂质代谢
基金资助：科技创新2030–重大项目（2023ZD04046）;; “十四五”国家重点研发计划项目（2021YFD1301202）;; 河南省农业良种联合攻关项目（2022020101）
