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作者：刘逸龙;熊谋康;王淇;商琦;张乐宜;钟帆;苗俊好;宋长绪;徐铮;马晓莉;
单位：华南农业大学动物科学学院国家生猪种业工程技术研究中心猪禽种业全国重点实验室;安徽东方帝维生物制品股份有限公司;河源盛泰种养有限公司;华南农业大学实验动物中心;
摘要：为调查分析2023—2024年我国部分地区猪流行性腹泻病毒（PEDV）的遗传变异情况，本试验采用实时荧光定量聚合酶链反应（qPCR）检测了9省42家猪场的806份疑似PEDV阳性样品，对阳性样品的PEDV刺突蛋白1(S1)、膜蛋白（M）和辅助蛋白（ORF3）基因进行反转录聚合酶链反应（RT-PCR）扩增并测序，得到的代表毒株序列与参考毒株进行比对，构建遗传进化树，分析核苷酸序列相似性和氨基酸序列突变位点。结果显示，806份样品中检出阳性样品473份，样品阳性率为58.68%。共测序鉴定出10株PEDV代表毒株，其S1基因核苷酸序列的相似性介于97.4%～99.7%，均属于G2-2亚型；M基因核苷酸序列的相似性介于96.0%～100%，其中8株属于G2-2亚型，2株属于G2-1亚型；ORF3基因核苷酸序列的相似性介于95.6%～100%，其中8株属于G1-2亚型，1株属于G1-1亚型，1株属于G2-1亚型。与各亚型参考毒株相比，10株代表毒株的S1、M和ORF3基因均存在多个氨基酸位点突变。结果表明，2023—2024年我国部分地区猪群中PEDV感染情况较为严重，主要流行G2型毒株。
关键词：猪流行性腹泻病毒(PEDV);;遗传变异;;遗传进化分析
基金资助：广东省省级科技计划项目（KTP20240477）;; 华南农业大学永根科技站项目（BQWZX2024-01-01）
