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作者：郑文骞;陈生梅;窦全林;李瑞哲;孟克达拉;马志杰;
单位：青海大学畜牧兽医科学院;青海大学农牧学院;海西州农畜产品质量安全检验检测中心;
摘要：本研究基于普通牛T2T基因组，探究普通牛Y染色体基因组中微卫星的分布规律和组成特征，为后续挖掘普通牛Y染色体特有的微卫星标记及构建Y染色体遗传图谱等研究奠定基础。基于NCBI数据库公布的普通牛Y染色体基因组序列数据，利用MSDB v2.4软件搜索分析普通牛Y染色体基因组中单纯型SSRs的分布规律和组成特征。结果表明，从普通牛Y染色体基因组（59.48 Mb）中共搜索出54 339个单纯型SSRs，总长度为1.11 Mb，占Y染色体基因组序列长度的1.8%，平均长度为20.54 bp，相对频率和相对密度分别为913.62 loci/Mb和18 767.703 bp/Mb。6种不同重复类型的微卫星在普通牛Y染色体基因组中的分布呈现差异。其中，二碱基重复类型的微卫星数目最多，共有37 125个（68.32%），其次是单碱基（10 186个，18.75%）、四碱基（2 842个，5.23%）、三碱基（2 454个，4.51%）、五碱基（1 364个，2.51%）、六碱基（368个，0.68%）。各重复类型分别以A、AC、AAC、AAAC、AACTG、AACCCT类别的微卫星分布较多。不同重复类型的单纯型SSRs其重复次数分别集中于12～36次（单碱基）、7～48次（二碱基）、5～20次（三碱基），4～21次（四碱基）、4～8次（五碱基）和4～58次（六碱基）。
关键词：普通牛;;Y染色体;;微卫星;;丰度;;密度;;频率
基金资助：青海省“昆仑英才·高端创新创业人才”计划（领军人才）项目;; 第三次全国畜禽遗传资源普查项目
