来源:期刊VIP网 时间:
作者:周玲欣;Iqra Nadeem;秦玉侠;熊晔;
单位:徐州医科大学生命科学学院;徐州医科大学基础医学院;
摘要:目的 探究双皮质素(DCX)在胶质瘤中的作用机制,筛选DCX过表达相关差异基因,为胶质瘤靶向治疗提供新靶点。方法 以大鼠胶质瘤细胞C6为靶细胞,构建LV-DCX-EGFP、LV-Cas9-Puro和LV-Ctrl-EGFP慢病毒,经Cas9双载体系统转染、筛选建立DCX过表达及对照C6细胞系。利用转录组测序获取差异基因表达谱,通过iDEP、DESeq2筛选差异基因(|Log_2(FC)|>2,P<0.05);运用STRING、Cytoscape构建蛋白互作网络并筛选关键基因;借助DAVID进行基因本体(GO)功能富集分析;利用BUSCA及UniProt分析关键基因亚细胞定位;绘制ROC曲线验证关键基因诊断价值;通过Enrichr预测转录因子及miRNA调控网络;采用RT-qPCR验证关键基因表达。结果 筛选得到45个上调、47个下调差异基因,明确POU2F3等6个上调及UBB等5个下调关键基因。GO功能富集显示,上调基因参与脂质生物合成的正调节等过程,下调基因涉及碱性磷酸酶活性调节等功能。关键基因主要分布在细胞核和胞质中。除RPS17外AUC值均>0.7,具有良好的诊断价值。RT-qPCR验证部分上调基因POU2F3、LPAR6、SREBF1 mRNA表达显著升高(P<0.001),部分下调基因UBB、ACTB、UBE2I mRNA表达也显著升高(P<0.001),这种差异可能与转录及转录后调控相关。结论 成功筛选胶质瘤中DCX过表达相关差异基因及其调控网络,为揭示DCX在胶质瘤发展中的作用机制提供理论依据,为潜在治疗策略开发奠定基础。
关键词:胶质瘤;;双皮质素;;差异表达基因;;生物信息学;;富集分析;;转录组测序
基金资助:国家自然科学基金项目(编号:82273250)~~