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作者：刘颖;高文元;袁律峰;储岳峰;
单位：中国农业科学院兰州兽医研究所兰州大学动物医学与生物安全学院动物疫病防控全国重点实验室;新疆农业大学动物医学学院;甘肃农业大学动物医学院;
摘要：宏基因组测序技术（m NGS）作为一种新兴的高通量测序方法，近年来在动物病原微生物检测领域得到了广泛应用和快速发展。该技术无须预先培养微生物或设计特定靶标，就能够一次性检测样本中的所有微生物核酸序列，实现对已知和未知病原微生物的快速、准确识别。目前，m NGS已经在人和动物的肺组织、肠道组织和皮肤样本的病原微生物检测中取得了良好的检测效果，但在动物组织病原微生物的研究相较于在其他领域的应用还较为薄弱，并且在临床实验室常规实施m NGS仍然存在一些障碍，主要集中在灵敏度受复杂背景干扰、目标微生物载量较低和数据分析缺乏标准等方面。主要综述了m NGS的技术发展、工作流程及其应用于动物组织中病原微生物感染的研究进展，以期为未来提高m NGS在组织原位微生物感染的检测效率和精准治疗提供参考依据以及在动物疾病防控的应用中提供技术支持。
关键词：宏基因组测序;;微生物;;病原检测;;动物组织
基金资助：甘肃省联合科研基金重大项目（25JRRA1085）;甘肃省联合科研基金项目（23JRRA1517）;; 甘肃省科技重大专项计划项目（23ZDNA007）;; 中国农业科学院创新工程项目（CAAS-ASTIP-2021-LVRI）
