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病毒学报2025年第01期:2022年山东省济南市某医院DBV的全基因组测序和遗传进化研究

来源:期刊VIP网 时间:


作者:申园园;韦雪敏;张宇涵;张新宇;李超;宋丽;赛林涛;许一菲;

单位:山东大学齐鲁医学院公共卫生学院;山东大学齐鲁医院感染性疾病科;山东大学苏州研究院;

摘要:本研究旨在探究2022年山东省济南市某医院大别班达病毒(Dabie bandavirus,DBV)的基因组特征和遗传变异规律。在山东省某医院采集6例疑似发热伴血小板减少综合征(Severe fever with thrombocytopenia syndrome,SFTS)患者的血样,提取DBV RNA并进行全基因组测序,将新获得的DBV序列与GenBank中山东省的DBV序列组成数据集;使用BioEdit进行同源性分析,识别氨基酸变异;IQ-TREE构建系统发育树,发掘潜在的重配毒株;RDP4和SimPlot筛选可能的重组事件;Datamonkey在线服务器分析选择压力。结果表明,新获得的6条DBV全基因组序列包含96个氨基酸突变,与GenBank中山东省DBV全基因组序列相比,其中15个是新发现的突变;四种DBV基因型(C1-C4)在山东省流行;本研究共鉴定出3种DBV重配类型和7个DBV重组事件;山东省DBV的四个基因在进化过程中均受到阴性选择压力影响。山东省DBV遗传多样性不断提高且进化机制复杂,需持续监测。

关键词:大别班达病毒;全基因组;遗传进化;系统进化分析

基金资助:国家重点研发计划重点专项(项目号:2023YFC2308502),题目:老年人群新发传染病高易感性和重症化机制研究; 江苏省自然科学青年基金(项目号:BK20220270),题目:新布尼亚病毒SFTSV的实时精准检测与溯源研究~~