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作者:覃夏汐;李静宇;
单位:南方医科大学第三附属医院;广东省农业科学院作物研究所;
摘要:目的:对远志全基因组进行分析,获取远志bHLH转录因子家族的生物信息学特性和组织表达等信息,为远志bHLH基因功能的挖掘提供理论依据。方法:根据bHLH基因家族特征,从远志全基因组中筛选bHLH转录因子,并对其进行理化性质、细胞定位、进化树构建以及物种内共线性、基因表达模式等分析。结果:共鉴定出远志基因组中的130个bHLH转录因子,其编码蛋白的平均长度为368个氨基酸,平均分子质量为40.90 kD,其中79个为偏酸性蛋白,51个为偏碱性蛋白;绝大部分bHLH蛋白定位于细胞核。与拟南芥bHLH蛋白相比较,远志的bHLH蛋白可分为18个亚家族。远志bHLH基因中存在1组串联重复基因对和71对片段复制基因。根据远志根、茎、叶的转录组数据,其PtbHLH家族成员在不同组织中的表达具有特异性。进一步的相关性分析结果表明,部分PtbHLH基因的表达与皂苷合成相关酶基因显著相关。结论:该研究基本确定了参与远志皂苷合成相关基因的信息,为后续深入研究远志bHLH基因在生长发育、逆境响应期间基因组的动态以及在次生代谢物合成过程中的调控机制奠定了基础。
关键词:远志;;bHLH转录因子;;全基因组鉴定;;生物信息学分析
基金资助:中国博士后科学基金会2023年度国家资助博士后研究人员计划项目(GZC20230629)