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作者：翁成桢;黄欣欣;李鸿喜;章蓓雯;唐歆;曹翀;谢旭;陈洪博;李晓冰;
单位：龙岩学院生命科学学院;福建省预防兽医学与兽医生物技术重点实验室;福建农林大学动物科学学院;
摘要：为了解我国流行的猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine reproductive and respiratory syndrome virus, PRRSV)基因型谱系及遗传变异情况，试验对NCBI数据库中2021—2024年来自我国的224条PRRSV NSP2基因序列进行比对和修剪，通过构建系统发育树分析我国流行的PRRSV毒株基因型谱系，并进行遗传距离、遗传进化、基因选择压力及基因重组分析。结果表明：我国流行的PRRSV毒株基因型主要为美洲型(基因Ⅱ型),占比为96.9%;其他为欧洲型(基因Ⅰ型),占比为3.1%。其中基因Ⅰ型毒株均属于谱系subtypeⅠ;基因Ⅱ型毒株属于4个谱系(L1、L3、L5和L8),占比由高到低依次为L1(66.1%)、L8(25.4%)、L5(4.9%)和L3(0.4%)。PRRSV基因Ⅰ型谱系subtypeⅠNSP2基因的核苷酸和氨基酸遗传距离分别为0.278和0.359;基因Ⅱ型谱系L1 NSP2基因的核苷酸和氨基酸遗传距离分别为0.200和0.293,谱系L5 NSP2基因的核苷酸和氨基酸遗传距离分别为0.003和0.004,谱系L8 NSP2基因的核苷酸和氨基酸遗传距离分别为0.082和0.124。PRRSV基因Ⅰ型谱系subtypeⅠ与基因Ⅱ型谱系L1、L5和L8 NSP2基因的核苷酸遗传距离分别为0.629,0.642和0.655;基因Ⅱ型谱系L1与L5、L8 NSP2基因的核苷酸遗传距离分别为0.324和0.372,谱系L5与L8 NSP2基因的核苷酸遗传距离为0.240。PRRSV基因Ⅰ型谱系subtypeⅠ与基因Ⅱ型谱系L1、L5和L8 NSP2基因的氨基酸遗传距离分别为0.804,0.810,0.839;基因Ⅱ型谱系L1与L5、L8 NSP2基因的氨基酸遗传距离分别为0.446和0.490,谱系L5与L8 NSP2基因的氨基酸遗传距离为0.316。PRRSV基因Ⅰ型谱系subtypeⅠ与基因Ⅱ型谱系L1、L5和L8 NSP2基因的分离位点数量分别为170,210,3和166,单体型多样性分别为0.998,0.691,0.979和0.952,平均差异位点数分别为76.286,45.015,0.945和20.869,核苷酸多态性分别为0.326,0.192,0.004和0.089。4个谱系间的同义替换率和基因流量化指标分别为3.365和0.171,且不同谱系间均差异显著(P<0.05);群体间遗传分化系数为0.688;基因流为0.110。PRRSV基因Ⅰ型谱系subtypeⅠ与基因Ⅱ型谱系L1、L5和L8 NSP2基因的非同义突变与同义突变比值(dN/dS)分别为0.362,0.540,0.387,0.426,均受负向选择压力。224条PRRSV NSP2基因序列共发生12次重组事件，均为基因Ⅱ型NSP2基因内重组，其中基因Ⅱ型谱系L1内重组事件6件，谱系L8内重组事件2件，谱系L1、L8间重组事件4件。说明我国流行的PRRSV毒株以基因Ⅱ型谱系L1和L8为主，基因Ⅰ型谱系subtypeⅠ和基因Ⅱ型谱系L1较基因Ⅱ型谱系L3、L5和L8遗传变异程度更高，基因Ⅱ型谱系L1更易发生基因重组。
关键词：猪繁殖与呼吸综合征病毒;;NSP2基因;;遗传变异;;核苷酸多样性;;基因重组
基金资助：国家自然科学基金项目(32102628);; 福建省自然科学基金项目(2022J011157);; 福建省中青年教师教学科研项目(JZ230057);; 福建龙岩学院博士启动项目(LB2022009)
