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作者：周俊;杨帆;潘可欣;蔡仕楷;陈红强;孙照洋;覃丽梅;
单位：佛山大学动物科技学院;
摘要：为了分离禽源传染性支气管炎病毒(Infectious bronchitis virus,IBV)，并对其S1基因的遗传进化特征及编码蛋白的生物信息学进行分析，试验采集广东省某养鸡场疑似IBV感染鸡的气管和肾脏组织样本，利用SPF鸡胚进行病毒的分离，对分离毒株进行RT-PCR鉴定、S1基因的PCR扩增与遗传进化分析，并采用在线软件对分离毒株S1蛋白进行生物信息学(理化性质、磷酸化位点、亚细胞定位、跨膜结构域、信号肽、核定位、二级结构、三级结构、B细胞抗原表位)分析。结果表明:分离到1株病毒，接种分离毒株的鸡胚胚体蜷缩、双脚抱头、眼睛发育畸形、较正常鸡胚体型偏小，死亡胚体表面广泛出血，与IBV感染鸡胚的特征性病变相符;经RT-PCR鉴定与测序确定为IBV，命名为IBV/SX。分离毒株IBV/SX与39株国内外IBV参考毒株的核苷酸序列相似性为61.4%～93.5%，氨基酸序列相似性为49.7%～92.0%。分离毒株IBV/SX株与CK/CH/GX/NN16-1(MF447724.1)株位于同一分支，亲缘关系较近;可能是由ck/CH/HN/1205株和X/China/AY4278株重组而成，或是由CK/CH/GD/XX16-4株和J/China/AF3523株重组而成。分离毒株IBV/SX S1蛋白包含491个氨基酸，分子式为C_(2541)H_(4032)N_(632)O_(676)S_(29)，分子质量为55 181.53 u，理论等电点(pI)为9.08，由20种常见的氨基酸组成，不稳定系数为37.02，脂肪系数为68.95;理论半衰期在体外哺乳动物网织红细胞、酵母和大肠杆菌中分别为20 h、30 min、>10 h，属于亲水性蛋白。该蛋白共存在32个亚细胞定位信号，其中有29个定位信号位于质膜，有3个定位信号位于内质网;具有5个跨膜螺旋区，不存在信号肽裂解位点，无核定位序列，存在48个潜在磷酸化位点。该蛋白具有4种二级结构，其中α-螺旋占比为31.10%,β-折叠占比为29.67%,β-转角占比为6.71%，无规则卷曲占比为32.52%;三级结构预测结果与二级结构预测结果相符。该蛋白含有17个B细胞潜在抗原决定簇和10个B细胞线性表位(连续碱基数超过10个的氨基酸)。说明试验分离到1株IBV，该毒株可能为重组毒株，其S1基因遗传变异程度较大，S1蛋白为稳定蛋白，存在多个潜在磷酸化位点和B细胞抗原表位。
关键词：传染性支气管炎病毒;;分离;;鉴定;;S1基因;;遗传进化特征;;生物信息学
基金资助：广东省自然科学基金面上项目(2021A1515012388)
