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作者：马筱芮;林元清;阚威;易乐;黎杨;李秀英;李雪梅;郑思思;魏梦君;柴晖丽;王金黎;多杰扎西;涂长春;朱国强;何彪;
单位：扬州大学兽医学院;中国农业科学院长春兽医研究所;青海省动物疫病预防控制中心;黄南州动物疫病预防控制中心;
摘要：牦牛（Bos grunniens）是我国西部高原地区重要的经济动物之一。2024年初，青海某地牦牛出现了以腹泻为主要特征并伴随呼吸道症状的疫情，病死率高达67.50%，常规病原检测发现了牛多杀性巴氏杆菌感染。为进一步排查病因，我们结合Nanopore和Illumina病毒组技术、分子检测、遗传演化对临床病料进行分析。运用基于Nanopore测序的病毒组技术，在接收到样品后最快9 h便发现了牛病毒性腹泻病毒（Bovine viral diarrhea virus, BVDV）的信息；在随后的24 h测序中，结合Illumina测序结果，我们发现BVDV是主要病毒，并存在BVDV-1、BVDV-3、A型轮状病毒和传染性鼻气管炎病毒的混合感染，因此推断，此次疫情可能是以BVDV和牛巴氏杆菌为代表的多病原混合感染导致的。本研究示例了Nanopore测序技术在未知疫情的辅助诊断中具有显著的快捷优势，但同时也存在准确度不足的问题；相关数据进一步说明病毒细菌混合感染是规模化养殖疫病防控的重要问题，严格落实生物安全管理制度是解决该问题的关键措施之一。
关键词：Nanopore;;Illumina;;快速检测;;未知病原;;混合感染
基金资助：国家自然科学基金重点项目(项目号：32130104),题目：草食家畜携带病毒的病原生态学与分子流行病学研究;; 青海省科技特派员专项(项目号：2024-NK-P16),题目：泽库县牦牛藏羊主要动物疫病和人兽共患病综合防控技术集成示范~~
