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作者：张欣怡;高辉;崔进;房琳琳;郑辉;刘爽;魏荣;李晓成;肖啸;董雅琴;
单位：云南农业大学;中国动物卫生与流行病学中心;农业农村部动物生物安全风险预警及防控重点实验室(南方);昭通市职业教育中心;
摘要：为了解我国部分地区牛冠状病毒(BCoV)流行及变异情况，2020—2021年，收集我国9个省份53个临床发病牛群的拭子、粪便、组织等样品1432份，采用实时荧光RT-PCR方法进行BCoV检测，并选取部分核酸阳性样品进行S基因全长的扩增、测序与遗传变异分析。53个发病牛群中，BCoV阳性场占54.72%，冬季BCoV感染率(14.87%)最高，犊牛最易感(16.13%)。本研究共获得17条S基因全长序列与参考序列核苷酸同源性为96.7%～99.7%。系统进化分析表明，BCoV毒株分为欧洲(GⅠ型)和亚-美(GⅡ型)两大分支，所测毒株均属GⅡ型，且与大多中国参考毒株共同位于GⅡ中相对独立的分支。与中国参考毒株相比，所测毒株存在60个氨基酸变异位点，所测4个内蒙古毒株存在16个有别于其他测序株的相同突变，推测与中国参考株HLJ/HH-10/2020、BCoV-GX-NN190313有相同的祖先。该研究为揭示我国BCoV流行情况及流行毒株分子特征提供参考。
关键词：牛冠状病毒;;S基因;;系统进化分析;;氨基酸变异
基金资助：农业农村部动物冠状病毒监测预警项目(16220223)
