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黑龙江畜牧兽医2025年第09期:山东省聊城市某规模驴场空气和驴鼻腔菌群多样性与菌群结构分析

来源:期刊VIP网 时间:


作者:王莉源;张健鹏;纪言霏;刘文强;

单位:聊城大学农业与生物学院;

摘要:为了研究驴场空气和驴鼻腔菌群多样性与菌群结构,试验采集山东省聊城市某规模驴场4个季节空气样本各5份及夏季健康德州驴鼻腔样本14份和同时期空气样本9份,提取基因组DNA后,对细菌16S rRNA基因V3-V4可变区进行PCR扩增、高通量测序,并根据测序结果进行操作分类单元(operational taxonomic units, OTU)聚类、菌群多样性及菌群结构分析。结果表明:4个季节空气样本菌群间的Ace指数、Chao指数,Sobs指数和Shannon指数均呈显著差异或极显著差异(P<0.05或P<0.01);Ace指数、Chao指数、Sobs指数为夏季最高,其次是冬季,春季和秋季较低;Shannon指数为冬季最高,其次是夏季和秋季,春季最低。夏季健康驴鼻腔分泌物样本菌群的Chao指数、Ace指数、Sobs指数和Shannon指数均极显著高于同时期空气样本(P<0.01);在主坐标分析中,4个季节各自聚集,冬季样本与其他季节样本明显区分,夏季健康驴鼻腔分泌物样本和同时期空气样本各自聚集。4个季节空气样本菌群中包括44个门、139个纲、332个目、623个科、1 374个属、2 341个种。春季空气样本菌群中的优势菌门(相对丰度较高的前5位菌门)包括放线菌门(85.35%)、变形菌门(7.51%)、厚壁菌门(3.25%)、拟杆菌门(1.55%)和绿弯菌门(0.67%),夏季空气样本菌群中的优势菌门包括放线菌门(66.07%)、厚壁菌门(13.78%)、变形菌门(8.31%)、绿弯菌门(4.74%)和拟杆菌门(2.88%),秋季空气样本菌群中的优势菌门包括厚壁菌门(34.07%)、放线菌门(33.32%)、变形菌门(20.37%)、拟杆菌门(6.86%)和弯曲杆菌门(3.22%),冬季空气样本菌群中的优势菌门包括厚壁菌门(34.06%)、变形菌门(23.00%)、放线菌门(20.77%)、酸杆菌门(6.99%)和拟杆菌门(5.27%);春季空气样本菌群中的优势菌属(相对丰度较高的前5位菌属)包括红球菌属(83.27%)、不动杆菌属(3.98%)、狭义梭菌属(0.77%)、链球菌属(0.43%)和变形杆菌属(0.36%),夏季空气样本菌群中的优势菌属包括红球菌属(55.28%)、狭义梭菌属(4.40%)、链球菌属(1.38%)、罗姆布茨菌属(1.06%)和棒状杆菌属(1.00%),秋季空气样本菌群中的优势菌属包括红球菌属(29.23%)、罗姆布茨菌属(9.96%)、变形杆菌属(7.32%)、狭义梭菌属(1.63%)和链球菌属(0.39%),冬季空气样本菌群中的优势菌属包括厌氧球菌属(8.63%)、丙酸杆菌属(4.59%)、链球菌属(4.42%)和棒状杆菌属(3.67%)和红球菌属(3.11%)。夏季健康驴鼻腔分泌物样本和同时期空气样本菌群中包括42个门、125个纲、310个目、549个科、1 167个属、2 309个种;夏季健康驴鼻腔分泌物样本和同时期空气样本菌群中的优势菌门均包括放线菌门(34.40%和73.93%)、厚壁菌门(25.81%和9.22%)、变形菌门(16.88%和7.59%)、绿弯菌门(14.89%和3.40%)、拟杆菌门(3.44%和2.04%),优势菌属包括红球菌属(8.67%和66.17%)、norank_f_JG30-KF-CM45(8.68%和1.79%)、狭义梭菌属(7.64%和2.63%)、链球菌属(7.22%和1.00%)和norank_f_norank_o_Actinomarinales(4.60%,驴鼻腔分泌物样本)/类诺卡氏属(0.53%,空气样本)。说明驴场4个季节间空气菌群多样性和优势菌群差异较大,其中放线菌门和红球菌属相对丰度呈现明显的季节性变化趋势,从春季至冬季逐渐递减;夏季健康驴鼻腔和同时期空气菌群多样性差异较大但优势菌群基本一致。

关键词:驴场;;空气微生物;;鼻腔微生物;;微生物多样性;;菌群结构;;季节

基金资助:山东省驴产业技术体系基金项目(SDAIT-27-11);; 聊城大学理工科研项目(318011701)