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病毒学报2024年第04期:基于生物信息学分析铁死亡与猴痘感染的相关性

来源:期刊VIP网 时间:


作者:潘静怡;詹晨昕;张安琪;

单位:温州医科大学附属第一医院麻醉科;温州市中心医院心血管内科;

摘要:猴痘是一种由猴痘病毒引起的传染病。铁死亡是一种铁依赖性的细胞死亡方式。目前,很少有关于猴痘病毒感染过程是否有铁死亡相关机制参与的研究。本研究探索了猴痘病毒感染与铁死亡之间可能的分子机制和生物学联系。本文在GEO(Geneexpressionomnibus)数据库中选择编号GSE(Geneexpression omnibus series)36 854数据集来分析并鉴定了540个猴痘相关差异表达基因。在FerrDb网站收集铁死亡相关基因后,利用维恩图鉴定猴痘差异表达基因与铁死亡基因之间的13个共有基因。对共有基因进行基因本体(Gene ontology,GO)与京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集分析后发现,共有基因主要富集在对脂多糖反应、细胞质核糖核蛋白颗粒、细胞因子活性等生物学功能,主要通过卡波西肉瘤相关疱疹病毒感染、IL17信号通路等通路参与猴痘疾病进程。利用NetworkAnalyst平台分别构建了TF (Transcription factor)-共有基因、共有基因-miRNA (microRNA,miRNA)、TF-共有基因-miRNA、共有基因相关蛋白质-化学物的相关互作调控网络,并探讨了共有基因与不同互作网络的密切联系。这些研究有助于探索铁死亡与猴痘病毒感染间的潜在分子机制和生物学联系,为猴痘的防治提供新的思路和治疗靶点。

关键词:猴痘;铁死亡;生物信息学;共有基因;网络分析

基金资助:温州市级科技计划项目(项目号:Y2023568),题目:基于生物信息学预测脓毒症肺损伤双硫死亡靶点; 浙江省医药卫生科技计划项目(项目号:2023RC045),题目:二氯乙酸钠靶向NLRP3炎症小体缓解急性肺损伤的作用及机制研究~~