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作者：裴建新;吴长城;张银豪;蒯文和;马学平;刘翔;王文玲;吴忠兰;
单位：宁夏回族自治区疾病预防控制中心;中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所;
摘要：基于高通量测序技术和生物信息分析方法构建宁夏猴痘病毒分子溯源技术平台，为本地区猴痘疫情防控提供技术支撑。以宁夏首例猴痘病毒核酸阳性样本DNA为模板，超灵敏度猴痘病毒全基因组捕获构建扩增子测序文库，利用Illumina测序平台的Nextseq 2000进行高通量测序，序列拼接后使用在线分析工具Nextclade分析病毒核苷酸变异、基因组谱系分型并进行溯源。生物信息学分析中和抗体A35R蛋白序列及结构。口咽拭子和痘疱液靶基因F3L的Ct值分别为33.6和17.8，痘疱液的病载量高于咽拭子。痘疱液为样本测序后获得有效全基因组序列，测序平均深度为2 306×，基因组覆盖率为99.12%，序列属于IIb（西非分支）C.1型，存在84个核苷酸突变位点，引起36个氨基酸突变。系统进化树分析结果显示，与GISAID猴痘病毒数据库中进化关系较近的为云南省提交序列EPI＿ISL＿18059183(2023-06-28采样)和日本近期的流行株，其中宁夏序列在共享81个核苷酸突变位点的基础上携带3个独有核苷酸突变位点（C94049T、C142797T、C174897T）。SWISS MODEL同源建模分析A35R蛋白的球状结构域与牛痘病毒A33R蛋白高度相似。成功从痘疱液中获得猴痘病毒全基因组序列，序列全长197 209bp，构建了病毒变异和分子溯源技术平台。
关键词：猴痘病毒;分子流行病学;高通量测序;基因特征;同源建模
基金资助：2017宁夏青年拔尖人才项目（项目号：RQ0126）; 宁夏重点研发项目（项目号：2020BEG01001）,题目：基于新型冠状病毒感染的病毒性肺炎防控机制和关键技术的应用~~
