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作者:杨红;王智伟;艾照碧;欧益行;杨远青;何长青;陈根;叶丽;赵中龙;周艳;郭徵力;廖朝美;张勇;
单位:毕节市畜牧站;贵州大学高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室;贵州省动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室;贵州大学动物科学学院;
摘要:为了研究织金白鹅的起源、进化及适应性,确定适合该物种的全基因组测序和组装策略,通过低覆盖度基因组Survey测序,评估织金白鹅基因组的大小及杂合度,以确定适合织金白鹅全基因组的测序策略,试验采用第二代高通量测序技术(Illumina Hiseq~(TM) 2000),对织金白鹅基因组大小、杂合度、重复序列、GC含量等基因组信息进行了检测。结果表明:测序获得了66.16 Gb织金白鹅基因组测序数据,基因组大小约为1.11 Gb,测序深度为59.57X,GC含量为42.08%;从K-mer分布曲线发现织金白鹅基因组有明显的杂合峰,杂合度达0.62%,重复序列含量约为11.44%;对织金白鹅的质体进行评估,发现核外DNA含量很低。说明研究结果为揭示织金白鹅的起源、进化及基本信息具有重要意义,且为织金白鹅物种进化、倍性水平和全基因组测序等研究提供理论依据。
关键词:织金白鹅;;基因组;;调研;;杂合率;;GC含量;;基因组大小
基金资助:贵州省科技计划项目(黔科合支撑[2020]1Y047号;黔科合支撑[2021]一般156)