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作者：郑扬勋;李涛;祁鑫;韩新龙;张宁;Florence Ytournel;丁向东;
单位：中国农业大学动物科学技术学院畜禽生物育种全国重点实验室畜禽育种国家工程实验室农业农村部动物遗传育种与繁殖(家畜)重点实验室;河南丰源和普农牧股份有限公司;阿克苏兴疆牧歌食品股份有限公司;北京顺鑫农业股份有限公司小店种猪分公司;河南牧业经济学院动物科技学院;法国AXIOM SAS育种公司;
摘要：在基因组选择中，参考群体的规模对基因组育种值估计的准确性具有重要作用，单一群体构建的参考群常因样本量有限而难以达到理想的预测准确度。本研究利用中国3个种猪场（北京顺鑫农业股份有限公司小店种猪分公司、河南丰源和普农牧股份有限公司、阿克苏兴疆牧歌食品股份有限公司，简称顺鑫、丰源和兴疆）1 556头大白猪的基因型和繁殖性状数据（总产仔数、产活仔数），群体遗传背景为法系猪和托佩克公司。通过单性状GBLUP(STGBLUP，简称ST)与多性状GBLUP(MTGBLUP，简称MT)模型评估不同群体参考群合并（相同品系/不同品系）的基因组选择效果，兴疆和丰源的年轻群体作为验证群。同为法系猪背景，兴疆和顺鑫存在基因型与环境互作，总产仔数和产活仔数在2个场之间的遗传相关分别为0.54和0.20。对于验证兴疆群体的总产仔数性状，兴疆、兴疆+顺鑫（ST）、兴疆+顺鑫（MT）的基因组育种值估计准确性分别为0.398 0、0.392 5、0.401 8。直接合并参考群体的单性状模型的准确性没有提高，甚至低于兴疆单个场为参考群体时的准确性，而多性状模型准确性最高。产活仔数的趋势与总产仔数相同。对于丰源的总产仔数性状基因组选择，合并参考群时单性状模型和多性状模型的准确性分别为0.328 3、0.319 0，无论是单性状模型还是多性状模型，合并参考群的准确性均高于丰源单群体（0.308 3）。产活仔数性状也呈现相同趋势。本研究表明，合并多群体作为基因组选择参考群时，合并遗传背景相近的群体宜采用多性状模型估计基因组育种值，特别是存在基因型与环境互作情况下。合并不同遗传背景的群体则宜采用单性状模型估计基因组育种值。
关键词：多群体;;大白猪;;繁殖性状;;基因组选择
基金资助：四川省科技成果转移转化示范项目(2024ZHCG01 09);; 国家生猪产业技术体系(CARS-35);; 山东省重大科技创新工程项目(2022LZGC003);; 河南省农业良种联合攻关项目(2022020102)
