来源：期刊VIP网 时间：
作者：黄永熙;闫普普;刘佳丽;刘满;刘恋;朱君;肖君豪;郭利伟;刘国平;杨小林;
单位：长江大学动物科学技术学院;
摘要：为了探究鸡白痢沙门氏菌感染后机体的生物功能变化及信号通路转导途径，明确其感染后的基因变化特征。研究通过GEO数据库下载鸡白痢沙门氏菌感染相关基因数据集，基于R语言进行生物信息学分析，筛选出数据芯片中的差异基因并对基因芯片共有基因进行GO和KEEG富集分析。利用String数据库进行蛋白互作分析，基于Cytoscape软件构建蛋白互作网络，并通过Cyto Hubba进行核心基因筛选，使核心基因在测序芯片中的表达趋势可视化。最后通过鸡白痢沙门氏菌攻毒雏鸡对临床数据预测结果进行试验验证。结果显示，两个基因芯片数据集分别提供4527个和806个差异基因，二者共有基因78个，GO与KEGG分析结果发现沙门氏菌感染后，分子功能的调控、离子通道激活等生物功能发生改变，负责产生IgA的肠道免疫网络等信号通路存在变化。筛选得到IL5、FN1和IL8等10个核心蛋白在临床数据中呈现同样的变化，动物试验验证得到上述核心靶点在不同肠道组织内呈现相同的表达趋势。研究结果表明，GEO数据库中转录组测序数据分析与临床沙门氏菌攻毒试验验证结果一致，可为鸡白痢沙门氏菌感染后生物标志物的确定提供理论依据和试验基础。
关键词：鸡白痢沙门氏菌;;GEO数据库;;生物信息学;;感染
基金资助：荆州市2022年度自然科学研究专项(202254-07CC);; 石首市先行县“先进技术集成示范基地建设与定向攻关”揭榜项目(SS202311)
