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作者：唐晓苹;范佳欣;熊光萍;魏宇航;董梦洁;车如意;张无敌;李楚楚;沙比热木·托合塔木;王宏;章青;孔翔羽;庞立丽;李丹地;
单位：甘肃中医药大学公共卫生学院;传染病溯源预警与智能决策全国重点实验室,国家卫生健康委员会医学病毒和病毒病重点实验室,中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所;北京市通州区卫生健康监督所;江苏省疾病预防控制中心;新疆维吾尔自治区疾病预防控制中心病原检定所;
摘要：为研究中国两株罕见G9P[4]-N1型RVA重配株的全基因组特征，采用逆转录-聚合酶链式反应（RT-PCR）方法，对2022年收集的两份G9P[4]-N1型RVA标本进行全基因组扩增。应用MEGA11.0、Geneious Prime2023.2.1、Geneious9.0.2和DNASTAR等软件对RVA毒株进行全序列及遗传变异和进化分析，成功获取两株G9P[4]-N1型RVA的全基因组序列。结果显示两株RVA毒株的全基因组基因型均为G9-P[4]-I2-R2-C2-M2-A2-N1-T2-E2-H2，两株RVA毒株所有节段核苷酸序列的相似性为：98.5%～99.5%。系统进化树显示VP7、VP4和NSP2基因分别为G9-Ⅲ、P[4]-Ⅴ、NSP2-N1。中国两株G9P[4]型RVA毒株为罕见的G9-P[4]-I2-R2-C2-M2-A2-N1-T2-E2-H2型，VP7、VP4、NSP2等关键基因节段与美国、俄罗斯、捷克等国外G9P[4]型RVA相似度高，且与本国G9型流行株亲缘关系相对较远，推测该罕见G9P[4]-N1型RVA重配株可能由境外输入。中国两株G9P[4]基因型JS97、XJ1109毒株与疫苗株RotaTeq~(TM)(G1～G4、P[8])和疫苗株RotarixTM、疫苗Rotavac原始株116E及LLR原始毒株核苷酸相似性为81.2%～91.3%，在关键中和抗原表位存在较多氨基酸位点差异，该差异是否会影响疫苗针对中国G9P[4]-N1基因型的保护效果需要进一步研究。
关键词：轮状病毒;G9P[4]基因型;分子特征;全基因组
基金资助：国家自然科学基金（项目号：21934005）,题目：中国母乳糖组分离分析及与轮状病毒蛋白相互作用研究; 国家重点研发计划（项目号：2022YFC2304302）,题目：呼吸道疾病口服剂型疫苗的研发及安全性和有效性评价~~
